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Enregistrement W3163246929 · doi:10.1101/2021.05.21.445166

Cap-dependent translation initiation monitored in living cells

2021· preprint· en· W3163246929 sur OpenAlexafffund
Valentina Gandin, Brian P. English, Melanie Freeman, Louis‐Philippe Leroux, Stephan Preibisch, Deepika Walpita, Maritza Jaramillo, Robert H. Singer

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2021
Typepreprint
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueMonoclonal and Polyclonal Antibodies Research
Établissements canadiensInstitut National de la Recherche Scientifique
Organismes subventionnairesFonds de Recherche du Québec - SantéNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaCanadian Institutes of Health ResearchHoward Hughes Medical Institute
Mots-clésEIF4ETranslation (biology)Eukaryotic translationCell biologyMessenger RNAInitiation factorEukaryotic initiation factorPhosphorylationBiophysicsProtein biosynthesisLive cell imagingBiologyCytoplasmTranslational regulationComputational biologyChemistryCellBiochemistryGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Despite extensive biochemical, genetic, and structural studies, a complete understanding of mRNA translation initiation is still lacking. Imaging methodologies able to resolve the binding dynamics of translation factors at single-cell and single-molecule resolution are necessary to fully elucidate regulation of this paramount process. We fused tags suitable for live imaging to eIF4E, eIF4G1 and 4E-BP1 without affecting their function. We combined Fluorescence Correlation Spectroscopy (FCS) and Single-Particle Tracking (SPT) to interrogate the binding dynamics of initiation factors to the 5’cap. Both FCS and SPT were able to detect eIF4E:eIF4G1 binding to the mRNA in the cytoplasm of proliferating cells and neuronal processes. Upon inhibition of phosphorylation by mTOR, 4E-BP1:eIF4E complexes rapidly dissociated from the 5’cap followed by eIF4G1 dissociation. Imaging of the binding dynamics of individual translation factors in living cells revealed the temporal regulation of translation at unprecedented resolution.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,005

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,031
Tête enseignante GPT0,272
Écart entre enseignants0,241 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations3
Publié2021
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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