Genetic analysis of <i>Caenorhabditis elegans pry-1/Axin</i> suppressors identifies genes involved in reproductive structure development, stress response, and aging
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT The Axin family of scaffolding proteins regulates a wide array of developmental and post-developmental processes in eukaryotes. Studies in the nematode, Caenorhabditis elegans , have shown that the Axin homolog, PRY-1, plays essential roles in multiple tissues. To understand the genetic network of pry-1 , we focused on a set of genes that are differentially expressed in the pry-1 -mutant transcriptome and are linked to reproductive structure development. Eight of the genes ( ard-1, rpn-7, cpz-1, his-7, cdk-1, rnr-1, clsp-1 , and spp-1 ), when knocked down by RNA interference, efficiently suppressed the plate-level multivulva phenotype of pry-1 mutants. In every case, other than clsp-1 and spp-1 , the ectopic vulval precursor cell (VPC) induction was also inhibited. The suppressor genes are members of known gene families in eukaryotes and perform essential functions. Our genetic interaction experiments revealed that except for clsp-1 , the genes participate in one or more pry-1 -mediated biological events. While four of them ( cpz-1, his-7, cdk-1 , and rnr-1 ) function in VPC induction, stress response, and aging, the other three ( spp-1, ard-1 , and rpn-7 ) are specific to one or more of these processes. Further analysis of the genes involved in aging showed that his-7, cdk-1 , and rnr-1 also interacted with daf-16/FOXO . The results of genetic epistasis experiments suggested that his-7 functions upstream of daf-16 , whereas cdk-1 and rnr-1 act downstream of the pry-1-daf-16 pathway. Altogether, these findings demonstrate the important role of pry-1 suppressors in C. elegans . Given that all of the genes described in this study are conserved, future investigations of their interactions with Axin and their functional specificity promises to uncover the genetic network of Axin under normal and disease states.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».