A glomerular transcriptomic landscape of <i>APOL1</i> in Black patients with focal segmental glomerulosclerosis
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Apolipoprotein L1 ( APOL1 )-associated focal segmental glomerulosclerosis (FSGS) is the dominant form of FSGS in Black people. There are no targeted therapies for this condition, in part because the molecular mechanisms underlying APOL1’s pathogenic contribution to FSGS are incompletely understood. Studying the transcriptomic landscape of APOL1 FSGS in patient kidneys is an important way to discover genes and molecular behaviors that are unique or most relevant to the human disease. With the hypothesis that the pathology driven by the high-risk (HR) APOL1 genotype is reflected in alteration of gene expression across the glomerular transcriptome, we compared expression and co-expression profiles of 15,703 genes in 16 Black FSGS patients with a HR vs 14 with a low-risk (“LR”) APOL1 genotype. Expression data from APOL1 -inducible HEK293 cells and normal human glomeruli were used to pursue genes and molecular pathways illuminated in these studies. We discovered (1) increased expression of APOL1 in HR and nine other significant differentially expressed genes, including stanniocalcin ( STC1) , which has a role in mitochondrial and calcium-related processes, (2) differential correlations between HR and LR APOL1 and metabolism pathway genes, but similar correlations with extracellular matrix- and immune-related genes, (3) significant loss of co-expression of mitochondrial genes in HR FSGS, and (4) an NF-κB -down-regulating gene, NKIRAS1 , as the most significant hub gene with strong differential correlations with NDUF family and immune-related genes. Overall, differences in mitochondrial gene regulation appear to underlie many differences observed between HR and LR FSGS. All data are available for secondary analysis through the “APOL1 Portal” ( http://APOL1portal.org ).
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».