Ongoing diphtheria outbreak in Yemen: a cross-sectional and genomic epidemiology study
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background An outbreak of diphtheria, declared in Yemen in October 2017, is still ongoing. Methods. Probable cases were recorded through an electronic diseases early warning system. Microbiological culture, genomic sequencing, antimicrobial susceptibility and toxin production testing were performed. Methods Probable cases were recorded through an electronic diseases early warning system. Microbiological culture, genomic sequencing, antimicrobial susceptibility and toxin production testing were performed. Findings The Yemen diphtheria outbreak developed in three epidemic waves, which affected nearly all governorates (provinces) of Yemen, with 5701 probable cases and 330 deaths (October 2017 - April 2020). The median age of patients was 12 years (range, 0.17-80). Virtually all outbreak isolates (40 of 43 tested ones) produced the diphtheria toxin. We observed low level of antimicrobial resistance to penicillin. We identified six separate Corynebacterium diphtheriae phylogenetic sublineages, three of which are genetically related to isolates from Saudi Arabia and Somalia. The predominant sublineage was resistant to trimethoprim and was associated with unique genomic features, more frequent neck swelling ( p =0.002) and a younger age of patients ( p =0.06). Its evolutionary rate was estimated at 1.67 × 10 −6 substitutions per site year -1 , placing its most recent common ancestor in 2015, and indicating silent circulation of C. diphtheriae in Yemen earlier than outbreak declaration. Interpretation We disclose clinical, epidemiological and microbiological characteristics of one of the largest contemporary diphtheria outbreaks and demonstrate clinically relevant heterogeneity of C. diphtheriae isolates, underlining the need for laboratory capacity and real-time microbiological analyses to inform prevention, treatment and control of diphtheria. Funding This work was supported by institutional funding from the National Centre of the Public Health Laboratories (Sanaa, Yemen) and Institut Pasteur (Paris, France) and by the French Government Investissement d ‘Avenir Program.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».