Comparative genomic analyses of β-lactamase (<i>bla<sub>CMY-42</sub></i>)-encoding plasmids isolated from wastewater treatment plants in Canada
Notice bibliographique
Résumé
Wastewater treatment plants (WWTPs) are useful environments for investigating the occurrence, diversity, and evolution of plasmids encoding clinically relevant antibiotic resistance genes (ARGs). Our objective was to isolate and sequence plasmids encoding meropenem resistance from bacterial hosts within Canadian WWTPs. We used two enrichment culture approaches for primary plasmid isolation, followed by screening for antibiotic resistance, conjugative mobility, and stability in enteric bacteria. Isolated plasmids were sequenced using Illumina MiSeq and Sanger sequencing methods. Bioinformatics analyses resolved a multi-resistance IncF/MOB F12 plasmid, pFEMG (209 357 bp), harbouring resistance genes to β-lactam (bla CMY-42 , bla TEM-1β , and bla NDM-5 ), macrolide (mphA-mrx-mphR), tetracycline (tetR-tetB-tetC-tetD), trimethoprim (dfrA12), aminoglycoside (aadA2), and sulfonamide (sul1) antibiotic classes. We also isolated an IncI1/MOB P12 plasmid pPIMR (172 280 bp) carrying similar β-lactamase and a small multi-drug efflux resistance gene cluster (bla CMY-42 -blc-sugE) to pFEMG. The co-occurrence of different ARGs within a single 24 552 bp cluster in pFEMG — interspersed with transposons, insertion sequence elements, and a class 1 integron — may be of significant interest to human and veterinary medicine. Additionally, the presence of conjugative and plasmid maintenance genes in the studied plasmids corresponded to observed high conjugative transfer frequencies and stable maintenance. Extensive investigation is required to further understand the fitness trade-offs of plasmids with different types of conjugative transfer and maintenance modules.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».