Analysis of Two SusE-Like Enzymes From Bacteroides thetaiotaomicron Reveals a Potential Degradative Capacity for This Protein Family
Notice bibliographique
Résumé
Bacteroides thetaiotaomicron is a major constituent of the human gut microbiome and recognized as a prolific degrader of diverse and complex carbohydrates. This capacity is due to the large number of glycan-depolymerization and acquisition systems that are encoded by gene clusters known as polysaccharide utilization loci (PUL), with the starch utilization system (Sus) serving as the established model. Sharing features with the Sus are Sus-like systems, that require the presence of a specific membrane transporter and surface lipoprotein to be classified as Sus-like. Sus-like import loci are extremely varied with respect to any additional protein components encoded, that would effectively modify the functionality of the degradative and import action of each locus. Herein we have identified eight Sus-like systems in B. thetaiotaomicron that share the feature of a homologous SusE-like factor encoded immediately downstream from the transporter/lipoprotein duo susC/D. Two SusE-like proteins from these systems, BT2857 and BT3158, were characterized by X-ray crystallography and BT2857 was further analyzed by small-angle X-ray scattering. The SusE-like proteins were found to be composed of a conserved three domain architecture: a partially disordered N-terminal domain that is predicted to be proximal to the membrane and structurally homologous to an FN3-like bundle, a middle β-sandwich domain, and a C-terminal domain homologous to family 32 carbohydrate-binding modules, that bind to galactose. Structural comparisons of SusE with SusE-like proteins suggested only a small structural divergence has occurred. However, functional analyses with BT2857 and BT3158 revealed that the SusE-like proteins exhibited galactosidase activity with para-nitrophenyl-β-D-galactopyranoside and α-(1,4)-lactose substrates, that has not been demonstrated for SusE proteins. Using a series of domain truncations of BT2857, the predominant β-D-galactosidase activity is suggested to be localized to the C-terminal DUF5126 domain that would be most distal from the outer membrane. The expanded functionality we have observed with these SusE-like proteins provides a plausible explanation of how Sus-like systems are adapted to target more diverse groups of carbohydrates, when compared to their Sus counterparts.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».