An overlapping lncRNA antisense to coding arachidonate 12‐lipoxygenase gene is ubiquitously expressed and exhibited cell‐type‐specific subcellular localization
Notice bibliographique
Résumé
The arachidonate 12‐lipoxygenase ( ALOX12 ) gene encodes an enzyme that acts on polyunsaturated fatty acid substrates and generates bioactive lipid mediators regulating a variety of biological processes associated with various disease pathologies. The human genome assembly (version GRCh38/hg38) revealed that the ALOX12 gene is overlapped by a previously uncharacterized antisense long non‐coding RNA ( lncRNA ) designated as ALOX12‐antisense 1 ( ALOX12‐AS1 ) indicating a possibility of antisense‐sense regulation of the coding ALOX12. Furthermore, based on expressed sequence tag ( EST ) mapping, the Ensemble database revealed the existence of multiple transcriptional isoforms of ALOX12‐AS1. Nine transcripts successively numbered as 201‐209 are supported by at least one EST. Therefore, the objective of this study was to characterize human tissue and cell‐type‐specific expression as well as intracellular localization of ALOX12‐AS1 lncRNA isoforms. Reverse transcription polymerase chain reaction and northern blotting‐based studies revealed that ALOX12‐AS1‐201 and ‐202 are the dominant transcripts expressed in a variety of adult primary human tissues including adipose, artery, bone marrow, cerebellum, cortex, intestine, liver, smooth muscle, and skin tissues. Furthermore, RNA fluorescence in situ hybridization using primary adult human tissues as well as five transformed human cell lines (A431: skin epithelial, EA.hy926: endothelial, THP‐1: monocytic, HEK293: embryonic kidney‐derived, and HepG2: hepatoma‐derived) revealed cell‐type‐specific expression and intracellular localization of the lncRNA. ALOX12‐AS1‐201 and ‐202 isoforms were differentially localized in the cytosol, nucleoplasm, as well as nucleoli, and the subcellular distribution exhibited variation depending on the cell‐type and cell division state. The tissue and cell‐type‐specificity of ALOX12‐AS1 lncRNA isoforms indicate that the isoforms might be involved in cell‐type‐specific regulation of ALOX12. This has been further reinforced by the overlapping nature of specific antisense‐sense sequence elements involving both genes. Future studies are warranted to unravel the details of potential antisense‐sense regulatory mechanism which is beyond the scope of the present study. Overall, this study provided a starting point to unravel a lncRNA‐mediated regulation of ALOX12 that may underlie the generation of potent bioactive lipid mediators associated with disease pathogenesis.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».