A Longitudinal Study of Antimicrobial Resistance in <i>Enterococcus</i> spp. Isolated from a Beef Processing Plant and Retail Ground Beef
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT Antimicrobial use in food-producing animals has come under increasing scrutiny due to its potential association with antimicrobial resistance (AMR). Monitoring of AMR in indicator microorganisms such as Enterococcus spp. in meat production facilities and retail meat products can provide important information on the dynamics and prevalence of AMR in these environments. In this study, swabs or samples were obtained from various locations in a commercial beef packing operation (n = 600 total) and from retail ground beef (n = 60) over a 19-month period. All samples/swabs were enriched for Enterococcus spp. and suspected enterococci isolates were identified using species-specific PCR primers. Enterococcus faecalis was the most frequently isolated species followed by Enterococcus hirae, which was found mostly on hides and ground beef. Enterococcus faecium (n = 9) and E . faecalis (n = 120) isolates were further characterized for antimicrobial resistance and resistant genes due to the clinical significance of these species. Twenty-one unique AMR profiles were identified, with 90% of isolates resistant to at least two antimicrobials, and two that were resistant to nine antimicrobials. Tetracycline resistance was observed most often in E . faecalis (28.8%) and was likely mediated by tet (M). Genomic analysis of selected E . faecalis and E . faecium isolates revealed that many of the isolates in this study clustered with other publicly available genomes from ground beef, suggesting that these strains are well adapted to the beef packaging environment. IMPORTANCE Antimicrobial resistance (AMR) is a serious challenge facing the agricultural industry. Understanding the flow of antimicrobial resistant-bacteria through the beef fabrication process and into ground beef is an important step in identifying intervention points for reducing AMR. In this study we used enterococci as indicator bacteria for monitoring AMR in a commercial beef packaging facility and in retail ground beef over a 19-month period. Although washing of carcasses post-hide removal reduced the isolation frequency of Enterococcus spp., a number of antimicrobial resistant- Enterococcus faecalis isolates were recovered from ground beef produced in the packaging plant. Genome analysis showed that several E . faecalis isolates were genetically similar to publicly available isolates recovered from retail ground beef in the United States.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».