Single cell chronoatlas of regenerating mouse livers reveals early Kupffer cell proliferation
Notice bibliographique
Résumé
Summary The liver is exemplar to study tissue regeneration due to its inherent ability of repair and regrowth. It replaces its lost or injured tissue by the proliferation, interaction and temporal coordination of multiple residential cell types. Until now we lacked a detailed description of the specific contributions of each cell type to the regenerative process, and therefore analyzed mouse livers 0, 3, 6, and 24 hours following two-thirds partial hepatectomy (PHx) by single cell RNA-sequencing (scRNA-seq) and mass cytometry. Our resulting genome wide temporal atlas contains the time dependent transcriptional changes in hepatocytes, endothelial cells, bone marrow-derived macrophages (BMDM) and Kupffer cells. In addition, it describes the cell specific contribution of mitogenic growth factors from biliary epithelial, endothelial and stellate cells as well as chemokines and cytokines from BMDM and granulocytes. And interestingly, Kupffer cells as opposed to hepatocytes emerged as the first cell to proliferate presenting a new dynamic in the liver following PHx. Here, we provide a robust data set at cellular resolution to uncover new elements and revisit current dogmas on the mechanisms underlying liver regeneration. To facilitate access to the data, we have launched the portal www.phxatlas.ch in which the scRNA-seq data can be visualized.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».