Reversibly Constraining The Human U1 snRNP And The Spliceosome To A Pre‐mRNA Via An Engineered Site‐specific Disulfide Bond
Notice bibliographique
Résumé
Pre‐messenger RNA splicing of protein‐coding RNA transcripts governs metazoan development. Pre‐mRNA splicing is catalyzed by the dynamic mega‐dalton spliceosome, formed by an ordered assembly of five U snRNPs (U1, U2, U4, U5 and U6 snRNPs) and non‐U snRNP proteins onto a pre‐mRNA substrate. The U snRNPs bind to and separate from the pre‐messenger RNA at key stages in the pre‐catalytic assembly of the spliceosome. The spliceosome assembly cycle is initiated with the recognition of the pre‐mRNA substrate 5′ splice site by the U1 snRNP which remains associated at this site during the recruitment of other U snRNPs. The U1 snRNP as well as the U4 snRNP and several other factors are subsequently displaced from their pre‐mRNA binding sites during the formation of a catalytic spliceosome. The mechanism, order, and importance of these displacement events is poorly understood, in part due to the challenges presented by the spliceosome's large size, dynamics, and crude source of material. In order to investigate the pre‐catalytic to catalytic transition undergone by the spliceosome, we have engineered a disulfide bond between a rationally designed U1‐C cysteine residue and a site‐specific thiol‐modified backbone of a pre‐mRNA substrate, allowing us to establish a reversible disulfide crosslink between a pre‐mRNA and the U1‐C protein alone as well as in the context of the U1 snRNP. This strategy will allow for a mechanistic elucidation of the critical pre‐catalytic to catalytic transition in spliceosome assembly, including examination of a possible sequential displacement of pre‐catalytic complexes in the activation of the spliceosome. Support or Funding Information National Science Foundation Award No. 1157892
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».