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Enregistrement W3170603059 · doi:10.1038/s41467-021-24334-y

Identification of 22 susceptibility loci associated with testicular germ cell tumors

2021· article· en· W3170603059 sur OpenAlexafffund
John Pluta, Louise C. Pyle, Kevin T. Nead, Rona Wilf, Mingyao Li, Nandita Mitra, Benita Weathers, Kurt D’Andrea, Kristian Almstrup, Lynn Anson‐Cartwright, Javier Benı́tez, Christopher D. Brown, Stephen J. Chanock, Chu Chen, Victoria K. Cortessis, Alberto Ferlin, Carlo Foresta, Marija Gamulin, Jourik A. Gietema, Chiara Grasso, Mark H. Greene, Tom Grotmol, Robert J. Hamilton, Trine B. Haugen, Russ Hauser, Michelle A.T. Hildebrandt, Matthew E. Johnson, Robert Karlsson, Lambertus A. Kiemeney, Davor Lessel, Ragnhild A. Lothe, Jennifer T. Loud, Chey Loveday, Paloma Martín, Coby Meijer, Jérémie Nsengimana, David I. Quinn, Þórunn Rafnar, Shweta Ramdas, Lorenzo Richiardi, Rolf I. Skotheim, Kāri Stefánsson, Clare Turnbull, David J. Vaughn, Fredrik Wiklund, Xifeng Wu, Daphne Yang, Tongzhang Zheng, Andrew D. Wells, Struan F.A. Grant, Ewa Rajpert‐De Meyts, Stephen M. Schwartz, D. Timothy Bishop, Katherine A. McGlynn, Peter A. Kanetsky, Katherine L. Nathanson, Christian Kubisch

Notice bibliographique

RevueNature Communications · 2021
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueTesticular diseases and treatments
Établissements canadiensPrincess Margaret Cancer CentreUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesNational Center for Advancing Translational SciencesNational Institute of Environmental Health SciencesNational Cancer InstituteNational Human Genome Research InstituteStrategic Research CouncilHelse Sør-Øst RHFNational Institutes of HealthYale UniversityDeutsche KrebshilfeBørnecancerfondenFondazione Umberto VeronesiUniversity of PennsylvaniaAbramson Cancer CenterNovo NordiskMinistero dell’Istruzione, dell’Università e della RicercaCancerfondenRegione PiemonteDipartimenti di EccellenzaUniversity of Texas MD Anderson Cancer CenterYale Cancer CenterPrincess Margaret Cancer FoundationNovo Nordisk FondenWellcome TrustCancer Research UKState of Connecticut Department of Public HealthKreftforeningenHorizon 2020 Framework ProgrammeKræftens BekæmpelseNational Institute of General Medical SciencesMovember FoundationCancer Prevention and Research Institute of Texas
Mots-clésTesticular Germ Cell TumorTesticular cancerGenome-wide association studyHeritabilitySeminomaBiologySomatic cellDiseaseGeneticsCancerGenetic associationOncologyInternal medicineMedicineGeneGenotypeSingle-nucleotide polymorphism

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Testicular germ cell tumors (TGCT) are the most common tumor in young white men and have a high heritability. In this study, the international Testicular Cancer Consortium assemble 10,156 and 179,683 men with and without TGCT, respectively, for a genome-wide association study. This meta-analysis identifies 22 TGCT susceptibility loci, bringing the total to 78, which account for 44% of disease heritability. Men with a polygenic risk score (PRS) in the 95th percentile have a 6.8-fold increased risk of TGCT compared to men with median scores. Among men with independent TGCT risk factors such as cryptorchidism, the PRS may guide screening decisions with the goal of reducing treatment-related complications causing long-term morbidity in survivors. These findings emphasize the interconnected nature of two known pathways that promote TGCT susceptibility: male germ cell development within its somatic niche and regulation of chromosomal division and structure, and implicate an additional biological pathway, mRNA translation.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,003
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,004
Score d'incertitude au seuil0,009

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,003
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,003
Bibliométrie0,0020,003
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,014
Tête enseignante GPT0,294
Écart entre enseignants0,280 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations73
Publié2021
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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