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Enregistrement W3170769654 · doi:10.1029/2021jg006310

Diverse Intracellular Inclusion Types Within Magnetotactic Bacteria: Implications for Biogeochemical Cycling in Aquatic Environments

2021· article· en· W3170769654 sur OpenAlexafffund
Jinhua Li, Peiyu Liu, Alima Tamaxia, Heng Zhang, Yan Liu, Jian Wang, Nicolas Menguy, Xiang Zhao, Andrew P. Roberts, Yongxin Pan

Notice bibliographique

RevueJournal of Geophysical Research Biogeosciences · 2021
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGeomagnetism and Paleomagnetism Studies
Établissements canadiensCanadian Light Source (Canada)University of Saskatchewan
Organismes subventionnairesAustralian Research CouncilCanadian Institutes of Health ResearchChinese Academy of SciencesWestern Economic Diversification CanadaNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaNational Research Council CanadaNational Natural Science Foundation of China
Mots-clésMagnetotactic bacteriaMagnetosomeBiogeochemical cycleProteobacteriaBiologyAlphaproteobacteriaGreigiteTransmission electron microscopyBiophysicsBacteriaChemistryMagnetite16S ribosomal RNAEcologyMaterials scienceNanotechnologyPaleontology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Magnetotactic bacteria (MTB) are a group of prokaryotes that generally live dominantly at or just below the oxic‐anoxic transition zone (OATZ) in diverse aquatic environments. They biomineralize intracellular magnetic nanocrystals of magnetite (Fe 3 O 4 ) or/and greigite (Fe 3 S 4 ) each enveloped by a bilayer membrane, called a magnetosome, and often organized into a chain or chains. Here, we identify a new magnetotactic spirillum strain (tentatively named WYHS‐1) from freshwater sediments of Weiyang Lake, Xi'an, northwestern China, using coupled fluorescence and transmission electron microscopy at the single‐cell level. Phylogenetic analysis of the 16S rRNA gene sequence indicates that strain WYHS‐1 is affiliated with the Azospirillum genus within the Alphaproteobacteria class of the Proteobacteria phylum. Transmission electron microscopy combined with synchrotron‐based scanning transmission X‐ray microscopy analyses reveal that strain WYHS‐1 produces nearly isotropic magnetite‐type crystals, with average lengths and widths of 34.5 ± 6.7 nm and 32.8 ± 6.5 nm, respectively. WYHS‐1 cells also contain at least three other types of intracellular, submicron inclusions: Sulfur (S 0 ) globules, Ca/Mg‐rich polyphosphate granules, and organic‐deficient vacuoles. Unlike magnetic particles, which occur within all WYHS‐1 cells, the latter three inclusion types are not always present, which indicates that they may be temporary intracellular structures that store or transport chemicals. Together with genomic and physicochemical knowledge for available bacteria, we propose a conceptual model in which MTB drive biogeochemical elemental cycling within aquatic OATZ environments and contribute to the distribution and burial of biominerals in sediments.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,317
Score d'incertitude au seuil0,416

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,033
Tête enseignante GPT0,325
Écart entre enseignants0,292 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations29
Publié2021
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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