Prospective manipulation of the gut microbiome with Microbial Ecosystem Therapeutic 4 (MET4) in locoregionally advanced oropharyngeal squamous cell carcinoma (LA-OPSCC) undergoing primary chemoradiation (ROMA2).
Notice bibliographique
Résumé
6059 Background: Therapeutic manipulation of the gut microbiome in cancer patients (pts) is an area of active investigation. MET4 (NuBiyota) is an oral alternative to fecal transplant consisting of a mixture of human gut bacteria associated with immunotherapy (IO) response. We previously reported variation in IO-responsive taxa across stages in human papilloma virus related (HPV+) LA-OPSCC pts treated with chemoradiotherapy (CRT) (Oliva et al., ASCO 2020). ROMA-2 is the first interventional study evaluating the safety, feasibility and ecological effect of MET4, in combination with definitive CRT in HPV+ LA-OPSCC (NCT03838601). Methods: This is an investigator-initiated study of pts with HPV+ LA-OPSCC treated with standard of care CRT. MET4 is administered daily until week 4 of CRT or unacceptable toxicity. Stool samples are collected at baseline, week 4, week 8-10, and 2-months post CRT. Bacterial V4 16S rDNA was extracted from stool and sequenced. Microbiome analyses were conducted in R using DADA2, phyloseq and DESeq2. Results: As of February 11 2021, 25 pts have been enrolled. A total of 50 stool samples from the first 14 pts were collected (98% adherence) and analyzed. Baseline cohort characteristics: median age = 62.5 (range, 48-69); Stage I/II/III = 5/1/8; use of antibiotics = 1pt. 3 pts did not complete the 3-week course of MET4 treatment due to non-compliance (n = 1), withdrawal of consent (n = 1) and grade 2 diarrhea (n = 1). Other reported MET4-related adverse events (all grade 1) included bloating (n = 2), flatulence (n = 1) and belching (n = 1). No longitudinal changes in alpha-diversity were seen from baseline through follow up. Administration of MET4 resulted in a transient trend towards increased cumulative MET4 taxa relative abundance (RA) by week 4. Stage III patients demonstrated the lowest MET4 taxa RA at baseline, and the greatest increase in MET4 taxa RA from baseline to week 4. By week 4 the following taxa in all pts were increased compared to baseline: Eubacterium hallii (21.71 Log2Fold change[L2FC], padj < 0.001) and Parabacteroides johnsonii (23.67 L2FC, padj < 0.001). An increase in the following taxa was observed by weeks 8-10 compared to baseline: Akkermansia muciniphilla (3.75 L2FC, padj = 0.027), Bacteroides fragilis (6.73 L2FC, padj = 0.010), Alistipes onderdonkii (3.30 L2FC, padj = 0.049) and Parabacteroides distasonis (24.43 L2FC, padj < 0.001). Conclusions: Manipulation of the gut microbiota in these pts was feasible and safe. MET4-induced ecological changes are heterogenous and vary by taxa. MET4 taxa implicated in IO-response were increased by week 4 and week 8-10. This increase was higher in pts with stage III disease. These data suggest that specific subgroups may benefit from combination IO therapy and may guide pt selection for further interventional clinical trial design. Clinical trial information: NCT03838601.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».