Evolutionary Glycomics: A Comprehensive Study of Vertebrate Host Serum/Plasma Glycome Using Orthogonal Glycomics Techniques
Notice bibliographique
Résumé
Eukaryotic Vertebrate host glycosylation machinery has been subject to immense evolutionary pressure. Besides, being crucial for host sustenance, glyco‐epitopes are also key‐regulators of inter‐species pathogen transmission. Significant evolutionary events such as loss of N‐glycolyl neuraminic acid (Neu5Gc) or alpha Galactose (α‐Gal) epitopes in species such as humans have been relevant for species development and have significantly impacted the ongoing arms race between pathogen and their hosts. Comprehensive knowledge on Vertebrate species‐specific glycosylation is still scattered, thereby leaving a substantial gap in our understanding of their glycome evolution. Serum/plasma N‐ and O‐glycomes of 35 different Vertebrate species (mammals, marsupials, birds, reptiles and fish) were analysed by two orthogonal glycomics methods, Porous Graphitised Carbon nano‐ Liquid Chromatography coupled to Electrospray Ionisation Tandem Mass Spectrometry (PGC nano‐LC ESI‐MS/MS) and Matrix Associated Laser Desorption Ionisation Time‐of‐flight Mass Spectrometry (MALDI TOF MS). Sialic acid diversity was additionally captured using High Performance Liquid Chromatography (HPLC) analyses of 1,2 Diamino Methylenedioxybenzene dichloride (DMB)‐ labelled sialic acids. Vertebrate serum/plasma glycome predominantly contained complex di‐, mono sialylated glycans. Core fucosylation of these N‐glycans was strongly species dependent, as were the non‐reducing end modifications. Most species showed a preference for incorporation of either N‐acetyl neuraminic acid (NeuAc) or NeuGc, with exceptions such as rats that use both. Anseriformes (Goose, Duck) N‐glycans carried GalNAc‐GlcNAc (LacDiNAc) epitopes that, however, were absent in Galliformes (Chicken, Turkey). Reptilians (e.g. Green sea turtles) had high levels of α‐Gal epitopes, and Saltwater Crocodile uniquely showed high amounts of oligomannose N‐glycans in serum. This largest, vertebrate species‐specific serum/plasma glycan and MS/MS spectral data is currently in the process of being made available open access through our collaboration with glycan focussed database such as Glyconnect and UniCarbDB.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».