Genomic evidence that blind cavefishes are not wrecks of ancient life
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Cavefishes often have modified eyes, from small but otherwise functional, to highly degenerate structures embedded in a connective tissue and covered by skin. Darwin assumed that these animals are ‘wrecks of ancient life’, but several genomic studies suggests they are not ‘ancient’. The most radical dating shift is for populations of a Mexican cavefish, Astyanax mexicanus , that have been recently estimated to be at the most a few tens of thousands years old. Despite having highly degenerate eyes, the eye-specific genes of A. mexicanus have low levels of decay. Other blind cavefishes we have examined so far are even older, but also can be dated to the Pleistocene. Here, we estimated the age of blindness of two additional fish species by the level of decay of eye-specific genes. Many pseudogenes were identified in the amblyopsid Typhlichthys subterraneus , suggesting that blindness evolved a few million years ago. In contrast, the blind cichlid Lamprologus lethops appears to be a new case of very recent and rapid eye regression, which occurred in deep river water, an environment similar to caves. Genome-wide analyses support the hypothesis that blindness in cavefishes is never very ancient, and ranges from the Early Pliocene to Late Pleistocene. Together with the description of hundreds of cavefish species, our results suggest that surface fishes were able to recurrently and rapidly adapt to caves and similar small dark ecosystems but the resulting highly specialized blind species with a limited distribution may be evolutionary dead-ends in a relatively short time.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».