Serine hydroxymethyltransferase 2 expression promotes tumorigenesis in rhabdomyosarcoma with 12q13-q14 amplification
Notice bibliographique
Résumé
as follows: FP RMS (32%), GBM (17%), LUAD (5%), and DDLPS (90%) (Table 1).For the LPS category, the myxoid LPS subtype (MLPS), which is generally not amplified in this region, was used to provide a sufficient number of amplicon-negative LPS cases for comparison with the amplicon-positive DDLPS cases.This low-resolution analysis of 12q13-q14 amplification identified genomic features that differ among the tumor categories.For DDLPS, most cases had coamplification of the 12q15 region with an intervening nonamplified region.In contrast, GBM had deletion events adjacent to these amplification events.As another variation, the amplicons in LUAD often extended from the 12q13-q14 region through the 12q15 region and further to the 12q21 region.Among these 4 tumor types, FP RMS was distinguished by the presence of focal 12q13-q14 amplification without a high frequency of 12q15 coamplification, adjacent deletion, or elongated amplicons.In this study, we limited our subsequent characterization to amplification of the 12q13-q14 region due to its specificity to FP RMS samples. Copy number analysis.We next developed a statistical approach to defining the common 12q13-q14 amplification events in RMS, GBM, LUAD, and LPS.In contrast to approaches that only determine the minimal common amplified region, we wanted to statistically define a high-confidence region of amplification for each cancer type.We divided the chromosomal regions of interest into multiple segments, where the segment length was chosen to provide a sufficient number of probes to reliably determine the copy number of each segment and detect statistically relevant differences in copy number between amplicon-positive and amplicon-negative samples.The overall region under analysis was chosen such that copy number changes in amplified cases returned back to baseline within the outermost segments of the region or at least were consistently scored as not significantly amplified based on the filtering criteria described below.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».