In situ fluorescent staining of yeast biofilms
Notice bibliographique
Résumé
Studies of microbial biofilms have focused mostly on bacterial attachment, resulting in an underdeveloped knowledge base for other microorganisms, including yeasts. Comprehension of yeast biofilms may be critical for therapeutic, control and exploitation strategies in clinical, industrial and natural environments. Visualization techniques form a generic part of biofilm studies, and recent development of fluorescent probes have enhanced localization, quantification and metabolic aspects of microorganisms. Limited application of these probes in yeast biofilms, however, has been reported. We evaluated a series of cell wall stains, live/dead probes, and yeast mitochondrial probes using both planktonic and biofilm cells of species of Cryptococcus , Saccharomyces and Schizosaccharomyces , including comparison with a filamentous fungus, Penicillium glabrum . Our results confirm the difference in metabolic functioning of planktonic versus attached matrix‐enclosed cells, with different concentrations of fluorescent probes, as well as staining periods, applicable to the two microbial lifestyles. Shortcomings in fluorophore properties, with fast photobleaching, and background fluorescence, are also indicated. Exopolymeric interference in visualization, and recalcitrance of biofilms to penetration of stains, are highlighted. In conclusion, the spectrum of parameter variation, and deviation from supplier information, exemplify the need for empirical evaluation before significant results can be obtained when staining biofilms.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».