CONFORMATIONAL FLUCTUATIONS RELATED TO CATALYSIS IN HUMAN RIBONUCLEASE SUPERFAMILY
Notice bibliographique
Résumé
The high catalytic efficiency of enzymes is a result of structural and dynamical effects. The role of enzyme structure in catalysis has been understood for some time. The enzymes of the ribonuclease A (RNase) family possess identical or similar active site residues and conserved fold architecture. However, their catalytic efficiency differs by 10 5 –10 6 fold. Moreover, the rate of dynamics among the RNases ranges from microsecond to second time‐scale, a factor 10 6 difference. Recent investigations provide insights into the role of conformational fluctuations (dynamics at multiple time‐scales) in enzyme catalysis. The fluctuations allow enzymes to sample inter‐converting conformations (called as conformational sub‐states ). These conformational sub‐states are proposed to contain features that can promote the function of an enzyme. Therefore, correlating the role of time dependent dynamics in sampling functionally relevant conformational sub‐states would enable a better understanding of the catalytic mechanism of the various RNases. NMR relaxation dispersion experiments show distinct patterns of dynamical variations among the RNases clustered into sub‐families having different biological functions within the same fold. A combination of theoretical modeling, computer simulations and higher order statistics has enabled the identification of conformational sub‐states that regulate the mechanism substrate binding, catalysis and product removal in representative members of each sub‐family found in the human genome. The representative members of each sub‐family have diverse conformational sub‐states associated with each step of the catalytic cycle suggesting a possible correlation between dynamics and function. This abstract is from the Experimental Biology 2018 Meeting. There is no full text article associated with this abstract published in The FASEB Journal .
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».