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Enregistrement W3174106697 · doi:10.1016/j.nicl.2021.102733

Open science datasets from PREVENT-AD, a longitudinal cohort of pre-symptomatic Alzheimer’s disease

2021· article· en· W3174106697 sur OpenAlexafffundabout
Jennifer Tremblay‐Mercier, Cécile Madjar, Samir Das, Alexa Pichet Binette, Stephanie O. M. Dyke, Pierre Étienne, Marie‐Élyse Lafaille‐Magnan, Jordana Remz, Pierre Bellec, D. Louis Collins, M. Natasha Rajah, Véronique D. Bohbot, Jeannie‐Marie Leoutsakos, Yasser Iturria‐Medina, Justin Kat, Richard D. Hoge, Serge Gauthier, Christine Tardif, M. Mallar Chakravarty, Jean‐Baptiste Poline, Pedro Rosa‐Neto, Alan C. Evans, Sylvia Villeneuve, Judes Poirier, John C.S. Breitner

Notice bibliographique

RevueNeuroImage Clinical · 2021
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueDementia and Cognitive Impairment Research
Établissements canadiensUniversité de MontréalJewish General HospitalMcGill University Health CentreMontreal Neurological Institute and HospitalMcGill UniversityDouglas Mental Health University Institute
Organismes subventionnairesFonds de Recherche du Québec - SantéPfizer CanadaCanadian Open Neuroscience PlatformAcademy of Pharmaceutical SciencesGovernment of CanadaFondation Brain CanadaMcGill University
Mots-clésCohortOpen dataCognitionDiseaseOpen scienceAlzheimer's diseaseMedicineCohort studyGerontologyNeurosciencePsychologyComputer sciencePathologyWorld Wide Web

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

To move Alzheimer Disease (AD) research forward it is essential to collect data from large cohorts, but also make such data available to the global research community. We describe the creation of an open science dataset from the PREVENT-AD (PResymptomatic EValuation of Experimental or Novel Treatments for AD) cohort, composed of cognitively unimpaired older individuals with a parental or multiple-sibling history of AD. From 2011 to 2017, 386 participants were enrolled (mean age 63 years old ± 5) for sustained investigation among whom 349 have retrospectively agreed to share their data openly. Repositories are findable through the unified interface of the Canadian Open Neuroscience Platform and contain up to five years of longitudinal imaging data, cerebral fluid biochemistry, neurosensory capacities, cognitive, genetic, and medical information. Imaging data can be accessed openly at https://openpreventad.loris.ca while most of the other information, sensitive by nature, is accessible by qualified researchers at https://registeredpreventad.loris.ca. In addition to being a living resource for continued data acquisition, PREVENT-AD offers opportunities to facilitate understanding of AD pathogenesis.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,005
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,031
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesScience ouverte
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Jeu de données · Signal consensuel: Jeu de données
Score de désaccord entre enseignants0,997
Score d'incertitude au seuil0,163

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0050,031
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0050,007
Études des sciences et des technologies0,0020,001
Communication savante0,0020,001
Science ouverte0,0030,004
Intégrité de la recherche0,0020,002
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0160,008

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,116
Tête enseignante GPT0,467
Écart entre enseignants0,351 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreJeu de données

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations127
Publié2021
Routes d'admission3
Résumé présentoui

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