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Enregistrement W3175114525 · doi:10.1096/fasebj.26.1_supplement.lb226

Structural‐functional studies of purified transmembrane segment VI‐VII of the human isoform 1 of the Na <sup>+</sup> /H <sup>+</sup> exchanger

2012· article· en· W3175114525 sur OpenAlexaff
Claudia Alves, Brian Lee, Brian D. Sykes, Larry Fliegel

Notice bibliographique

RevueThe FASEB Journal · 2012
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueIon Transport and Channel Regulation
Établissements canadiensUniversity of Alberta
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésChemistryGene isoformTransmembrane domainMaltose-binding proteinTransmembrane proteinHelix (gastropod)Nuclear magnetic resonance spectroscopyExtracellularCleavage (geology)Amino acidBiochemistryFusion proteinCrystallographyStereochemistryRecombinant DNA

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The Na + /H + exchanger isoform 1 (NHE1) is a ubiquitous pH membrane protein in mammalian cells. NHE1 regulates intracellular pH exchanging one intracellular H + for one extracellular Na + . Though the structure of membrane proteins is highly desirable, expression remains problematic. In this study we expressed and purified transmembrane (TM) VI‐VII of the NHE1 protein. A 49 kDa Maltose‐Binding‐Protein‐TMVI‐VII fusion protein was expressed in E. coli XL1 Blue cells and purified with an Amylose resin. After cleavage with Tobacco Etch Virus, free TM VI‐VII, 6.2 kDa protein was isolated and purified by reverse phase HPLC. The identity was confirmed by Mass Spectroscopy. The structure of 15 N isotopically labeled TM VI‐VII peptide was determined in dodecylphosphocholine micelles using solution‐state 2D and 3D NMR. TM VI‐VII contains a helix‐kink‐helix structure for TM VI with helices between amino acids 229–236 and 239–247. TM VII was a continuous helix from 252–274. The data suggests that the C‐terminal half of TM VI interacts with the N‐terminal half of TM VII. Future studies are further defining the helix‐helix interface between residues of TM VI and TM VII.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,023
Score d'incertitude au seuil0,387

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,028
Tête enseignante GPT0,252
Écart entre enseignants0,223 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2012
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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