Extracellular ribosomal RNA provides a window into taxon-specific microbial lysis
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Microbes are by far the dominant biomass in the world’s oceans and drive biogeochemical cycles that are critical to life on Earth. The composition of marine microbial communities is highly dynamic spatially and temporally, with consequent effects on their functional roles. In part, these changes in composition result from viral lysis, which is taxon-specific and estimated to account for about half of marine microbial mortality. Here we determined taxon-specific cell lysis of prokaryotes in coastal seawater by sequencing extracellular and cellular ribosomal RNA (rRNA). We detected lysis in about 15% of the 16946 prokaryotic amplicon sequence variants (ASVs) identified, and lysis of up to 34% of the ASVs within a water sample. High lysis was most commonly associated with rare but typically highly productive bacteria, while relatively low lysis was more common in taxa that are often abundant, consistent with the proposed model of “kill the winner”, and the idea that less abundant taxa generally experience higher relative lysis than dominant taxa. These results provide an explanation to the long-standing conundrum of why highly productive bacteria that are readily isolated from seawater are often in very low abundance. One Sentence Summary Extracellular rRNA shows wide variation in cell lysis among prokaryotic taxa.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».