Abstract WP416: Specific Transcriptome Response in Neutrophils, Monocytes and Whole Blood in Human Intracerebral Hemorrhage and Ischemic Stroke of Different Etiologies
Notice bibliographique
Résumé
Understanding transcriptome changes following intracerebral hemorrhage (ICH) and ischemic stroke (IS) of different etiologies, can lead to a better understanding of the molecular and cellular pathways involved in the response to acute brain injury caused by ICH and IS. We characterized the transcriptomic profiles from ICH and different IS etiologies to identify acute molecular changes in isolated monocytes, neutrophils and in whole blood. Peripheral blood was drawn from ICH (6) and IS (33) cases (cardioembolic, large vessel and lacunar) in the first 30 ± 20 hours post-onset of symptoms. We performed whole-genome RNA sequencing of whole blood (WB), and isolated neutrophils and monocytes. Control cases (10) with vascular risk factors (diabetes and/or hypertension and/or hypercholesterolemia) were also included (VRFC). A linear regression model including the interaction diagnosis x sample subtype with p<0.05 and overlap with FDR<0.2, (fold-change>1.2) was used for identifying differentially expressed (DE) genes. Gene ontology and pathway enrichment were performed for investigating the biological context of the DE. We observed specific transcriptional responses for ICH and IS, and within IS etiologies in monocytes, neutrophils and WB. Neutrophils’ response was the strongest with highest number of DE genes in both ICH and IS and its etiologies when compared to VRFC. Most of the changes were cell-type specific and involved immune response and signal transduction pathways. For example, in ICH compared to VRFC, about half of the over-represented pathways were unique to either monocytes or neutrophils. Many pathways over-represented in WB were not over-represented in monocytes or neutrophils, signifying the importance of additional blood cell types in the immune response to ICH and IS. A T-cell receptor gene was DE in WB only, and in opposite directions in ICH and IS when compared to VRFC, thus is a good biomarker candidate. The unique expression changes in neutrophils and monocytes after ICH and IS and its subtypes underscore their involvement in IS and ICH pathophysiology. The large number of unique genes and pathways in whole blood not detected in monocytes or neutrophils signify the contribution of other peripheral blood cell types to the ICH and IS responses.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».