The metabolomic signature of <i>Giardia</i> sp.
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND Giardia duodenalis is a protozoan parasite responsible for giardiasis, a parasitic disease characterized by intestinal malabsorption, diarrhea, weight loss and abdominal pain. The pathophysiological processes occurring during giardiasis involve epithelial abnormalities, mucus depletion and microbiota disruption, however the mechanisms are poorly understood. Upon infection, Giardia , which has a minimal biosynthetic capacity, compete locally with the commensal microbiome for nutrients and ecological niches in the duodenum. AIM In this context, we performed a metabolomic study to characterize the nutritional requirements and the secretome of several Giardia strains, isolated from human patients (assemblages A and B), outbreaks, as well as a variety of mammals. METHODS The metabolomic profiles of Giardia sp. isolates were determined using mass spectrometry. Trophozoites were grown to confluence in MTYI media and supernatants were collected at different time points (3, 6, 9, 12 and 24 hours) and mixed with ice cold methanol. Methanolic extracts were analyzed by Ultra High Performance Liquid Chromatography mass spectrometry and resolved by Hydrophilic interaction liquid chromatography column. RESULTS We identified a multitude of produced and consumed compounds such as amino acids, nucleic acid precursors, protein catabolism precursors, as well as carbohydrates and energy metabolites. Interestingly, nutrition requirements of Giardia trophozoites are significantly different between isolates, both intra and inter‐assemblages. For instance, isolate WB6 (assemblage A) is more auxotrophic for arginine than GSM strain (assemblage B), while GSM strain requires more inosine, uridine and as paragine than other isolates. CONCLUSION This study gives insight into how Giardia survives the host's intestinal tract and shows strain specific metabolomic signatures. A metabolomic approach may further help to understand the impact of nutritional modulation by Giardia trophozoites on the gut microbiome and host physiology. Support or Funding Information Grant support: University of Calgary Eyes High postdoctoral fellowship This abstract is from the Experimental Biology 2018 Meeting. There is no full text article associated with this abstract published in The FASEB Journal .
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».