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Enregistrement W3180418576 · doi:10.1158/1538-7445.am2021-lb034

Abstract LB034: Analysis of PD-L1 IHC tests using NIST SRM 1934-traceable reference materials: A new paradigm for development of predictive IHC biomarkers

2021· article· en· W3180418576 sur OpenAlexaff
Emina Torlakovic, Seshi R. Sompuram, Kodela Vani, Steve Bogen

Notice bibliographique

RevueCancer Research · 2021
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueCancer Immunotherapy and Biomarkers
Établissements canadiensUniversity of SaskatchewanSaskatchewan Health Authority
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésImmunohistochemistryGold standard (test)Detection limitNISTChemistryMedicinePathologyInternal medicineComputer scienceChromatography

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract BACKGROUND. The challenges in accurate patient stratification for immune checkpoint inhibitors have been compounded by the fact that the FDA-cleared PD-L1 IHC tests are analytic ‘black boxes'. Relatively basic analytic parameters such as lower limit of detection and analytic dynamic range are unknown to both developers of assays as well as end users. The recent development of standardized PD-L1 immunohistochemistry (IHC) reference materials enables quantitative test characterizations that were not previously possible. METHODS. We surveyed 41 PD-L1 testing laboratories in North America and Europe, quantitatively defining each of the PD-L1 tests' analytic performance in terms of lower limit of detection and dynamic range. All four commercial PD-L1 kits were assessed by multiple laboratories. A variety of laboratory-developed tests (LDTs) we also assessed. The reference materials incorporated defined concentrations of PD-L1 peptide (intracellular domain) or recombinant extracellular domain protein, traceable to NIST Standard Reference Material 1934. Each laboratory received a slide with 10 separate PD-L1 calibrator concentrations: 2,200 - 600,000 molecules of PD-L1 extracellular domain or 34,000 - 2,200,000 molecules of PD-L1 intracellular domain. The calibrator concentrations ranged from those that are below the lower limit of detection to others that yield maximal staining. RESULTS. The data obtained with the four PD-L1 kits (VENTANA PD-L1 (SP263) Assay, VENTANA PD-L1 (SP142) Assay, DAKO PD-L1 IHC 28-8 pharmDx and DAKO PD-L1 IHC 22C3 pharmDx assays) revealed that the lower limits of detection (PD-L1 molecules per cell equivalent) are approximately: 50,000 - 180,000 (SP263), 800,000 - 1,200,000 (SP142), 220,000 - 360,000 (28-8), and 200,000 - 400,000 (22C3). The dynamic ranges for all of these tests are generally narrow, spanning less than a log concentration of PD-L1. The SP263 and SP142 assays showed no overlap of their analytic response curves. This means that a maximal stain intensity with SP263 kit can be associated with zero staining with the SP142 kit. Consequently, it is not possible to compensate for the variability in analytic sensitivity between these two tests by adjusting the percent positive cell cutoff. The 28-8 was more sensitive than, but statistically indistinguishable from the 22C3 assay. Laboratory-developed tests (LDTs) using these and other primary antibodies have their own unique analytic performance characteristics. CONCLUSIONS. The PD-L1 reference materials enable precise definitions of analytic test performance and linking them with clinical management thresholds. Therefore, this tool finds its most important implementation at the stage of development of new IHC predictive biomarkers in clinical trials as well as at the stage of methodology transfer to clinical IHC laboratories. Furthermore, our results also help define more precisely the possibility for assay interchangeability and to what degree the assays may be harmonized. Citation Format: Emina E. Torlakovic, Seshi Sompuram, Kodela Vani, Steve Bogen. Analysis of PD-L1 IHC tests using NIST SRM 1934-traceable reference materials: A new paradigm for development of predictive IHC biomarkers [abstract]. In: Proceedings of the American Association for Cancer Research Annual Meeting 2021; 2021 Apr 10-15 and May 17-21. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2021;81(13_Suppl):Abstract nr LB034.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,016
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,013
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,016
Score d'incertitude au seuil0,086

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0160,013
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0030,002
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0020,001
Science ouverte0,0020,001
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,219
Tête enseignante GPT0,463
Écart entre enseignants0,244 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2021
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