O02.3 Reclassification of Atopobium vaginae as three novel Fannyhessea species: implications for understanding their role in bacterial vaginosis
Notice bibliographique
Résumé
Background Atopobium vaginae is a prevalent vaginal bacterium associated with bacterial vaginosis (BV). Molecular studies targeting its 16S rRNA gene have shown A. vaginae is a useful diagnostic indicator of BV and important secondary colonizer of the vaginal biofilm. Both A. vaginae and the vagina’s primary biofilm-forming species, Gardnerella vaginalis, exhibit extreme genomic heterogeneity. This led to Gardnerella’s recent split into approximately nine genomospecies indistinguishable by their 16S genes. The objective of this work was to ascertain whether similar subdivisions should be made for A. vaginae. Methods We performed comparative genomics on publically available A. vaginae whole genome sequences. We also genotyped 20 A. vaginae isolates from women participating in a BV treatment study and phenotypically characterized select strains to identify their biochemical properties (API/MIC tests) and virulence potential. Results Three genomospecies were defined by cross-species nucleic acid identity <74%; each shares ≥99% 16S rRNA gene identity and belongs to the new genus Fannyhessea. Two species previously cultured and sequenced are Fannyhessea vaginae (CCUG 38953T, representing 85% of cultured isolates) and Fannyhessea massiliense (Marseille-P4126T, PB189–14T). These species differ in alkaline and acid phosphatase activity, as well as leucine arylamidase activity. Novel Fannyhessea species type 2 was distinguished by its inability to ferment sucrose or tagatose and its sensitivity to metronidazole. Colony morphology, Gram stain, and lack of detectable catalase, indole, sialidase, proteinase, and hyaluronidase activities were similar for all three species. Functional genomics revealed F. vaginae uniquely possesses sialic acid response machinery and several adhesion proteins. Conclusions Genomic and functional differences support redefining A. vaginae as three novel Fannyhessea species. More work is needed to re-examine its role in BV in the absence of confounding by the other species, but our findings suggest F. vaginae may contribute to treatment failure and interact specifically with the Gardnerella biofilm and host epithelium.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».