Systems vaccinology of the BNT162b2 mRNA vaccine in humans
Notice bibliographique
Résumé
Abstract The emergency use authorization of two COVID-19 mRNA vaccines in less than a year since the emergence of SARS-CoV-2, represents a landmark in vaccinology1,2. Yet, how mRNA vaccines stimulate the immune system to elicit protective immune responses is unknown. Here we used a systems biological approach to comprehensively profile the innate and adaptive immune responses in 56 healthy volunteers vaccinated with the Pfizer-BioNTech mRNA vaccine. Vaccination resulted in robust production of neutralizing antibodies (nAbs) against the parent strain and the variant of concern, B.1.351, but no induction of autoantibodies, and significant increases in antigen-specific polyfunctional CD4 and CD8 T cells after the second dose. The innate response induced within the first 2 days of booster vaccination was profoundly increased, relative to the response at corresponding times after priming. Thus, there was a striking increase in the: (i) frequency of CD14+CD16+ inflammatory monocytes; (ii) concentration of IFN-y in the plasma, which correlated with enhanced pSTAT3 and pSTAT1 levels in monocytes and T cells; and (iii) transcriptional signatures of innate responses characteristic of antiviral vaccine responses against pandemic influenza, HIV and Ebola, within 2 days following booster vaccination compared to primary vaccination. Consistent with these observations, single-cell transcriptomics analysis of 242,479 leukocytes demonstrated a ~100-fold increase in the frequency of a myeloid cluster, enriched in a signature of interferon-response transcription factors (TFs) and reduced in AP-1 TFs, one day after secondary immunization, at day 21. Finally, we delineated distinct molecular pathways of innate activation that correlate with CD8 T cell and nAb responses and identified an early monocyte-related signature that was associated with the breadth of the nAb response against the B1.351 variant strain. Collectively, these data provide insights into the immune responses induced by mRNA vaccines and demonstrate their capacity to stimulate an enhanced innate response following booster immunization.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».