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Enregistrement W3183177352 · doi:10.3389/fendo.2021.681646

Mouse Spexin: (I) NMR Solution Structure, Docking Models for Receptor Binding, and Histological Expression at Tissue Level

2021· article· en· W3183177352 sur OpenAlexfundno aff
Matthew K. H. Wong, Mulan He, Kong Hung Sze, Tao Huang, Wendy K. W. Ko, Zhaoxiang Bian, Aol Wong

Notice bibliographique

RevueFrontiers in Endocrinology · 2021
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueReceptor Mechanisms and Signaling
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesHealth and Medical Research FundDirectorate for Biological SciencesUniversity of Alberta
Mots-clésReceptorG protein-coupled receptorDocking (animal)Homology modelingRandom coilBiologyBiochemistryBiophysicsChemistryProtein secondary structureCell biologyEnzymeMedicine

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Spexin (SPX), a highly conserved neuropeptide, is known to have diverse functions and has been implicated/associated with pathological conditions, including obesity, diabetes, anorexia nervosa, and anxiety/mood disorders. Although most of the studies on SPX involved the mouse model, the solution structure of mouse SPX, structural aspects for SPX binding with its receptors GalR2/3, and its cellular expression/distribution in mouse tissues are largely unknown. Using CD and NMR spectroscopies, the solution structure of mouse SPX was shown to be in the form of a helical peptide with a random coil from Asn 1 to Pro 4 in the N-terminal followed by an α-helix from Gln 5 to Gln 14 in the C-terminus. The molecular surface of mouse SPX is largely hydrophobic with Lys 11 as the only charged residue in the α-helix. Based on the NMR structure obtained, docking models of SPX binding with mouse GalR2 and GalR3 were constructed by homology modeling and MD simulation. The models deduced reveal that the amino acids in SPX, especially Asn 1 , Leu 8 , and Leu 10 , could interact with specific residues in ECL 1&2 and TMD 2&7 of GalR2 and GalR3 by H-bonding/hydrophobic interactions, which provides the structural evidence to support the idea that the two receptors can act as the cognate receptors for SPX. For tissue distribution of SPX, RT-PCR based on 28 tissues/organs harvested from the mouse demonstrated that SPX was ubiquitously expressed at the tissue level with notable signals detected in the brain, GI tract, liver, gonad, and adrenal gland. Using immunohistochemical staining, protein signals of SPX could be located in the liver, pancreas, white adipose tissue, muscle, stomach, kidney, spleen, gonad, adrenal, and hypothalamo-pituitary axis in a cell type-specific manner. Our results, as a whole, not only can provide the structural information for ligand/receptor interaction for SPX but also establish the anatomical basis for our on-going studies to examine the physiological functions of SPX in the mouse model.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,087
Score d'incertitude au seuil0,735

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,029
Tête enseignante GPT0,257
Écart entre enseignants0,228 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations16
Publié2021
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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