Low vulnerability of the human retina to SARS-CoV-2 infection-potential role of the choroidal vasculature
Notice bibliographique
Résumé
Purpose : Ocular manifestations have been described in COVID-19 patients, but it is unknown whether SARS-CoV-2 - the causal agent in COVID-19 - can directly infect posterior ocular tissues. Here, we investigate SARS-CoV-2 host factor gene expression levels and their distribution across retinal and choroidal cell types. The overall aim is to identify particularly vulnerable cell-types to elucidate a potential pathomechanism for observed retinal lesions in COVID-19 patients. Methods : Datasets from human retina and choroid were retrieved from published datasets. We reprocessed the data from raw quantification matrix following standard Seurat (v.3.1) clustering procedure. To take advantage of the improved Seurat pre processing and normalization workflow, we used the SCTransform function, thereby we “corrected” log-normalized expression values across datasets. To reannotate the cells, multiple clusterings of different resolutions were generated among which the one best matching published clustering was picked and manual annotation was undertaken using marker genes. Results : Key genes for SARS-CoV-2 host cell entry are significantly lower expressed in human retinal cell-types compared to choroid. In detail, we observe no expression of ACE2 or TMPRSS2 in the retina, but a scarce co-expression in vessel associated cell-types of the choroid. No differences could be detected between fovea and periphery for both tissues. Conclusions : Key conclusion: The human retina is not vulnerable for a direct SARS-CoV-2 infection. Thus, retinal lesions as described in a recent Lancet publication by Marinho et al. are most likely due to a secondary damage (Marinho et al., 2020). However, SARS-CoV-2 entry genes are expressed in vessel-associated cell-types of the choroid. Thus, as described in other organs, the virus might infect the vasculature in terms of an infectious endothelitis, and could subsequently lead to vascular occlusions. Further studies are needed to elucidate whether vascular occlusions of the posterior eye segment correlate with life-threatening cardiovascular complications in COVID-19 patients. Thus, the posterior eye segment might qualify as an in vivo biomarker of systemic vascular disease in COVID-19 patients and imaging techniques of the posterior eye segment could be helpful for manage treatment of COVID-19 patients.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».