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Enregistrement W3184475027 · doi:10.1101/2021.07.25.453666

Phylogenetic distribution and expression pattern analyses identified a divergent basal body assembly protein involved in land plant spermatogenesis

2021· preprint· en· W3184475027 sur OpenAlexfundno aff

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2021
Typepreprint
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiqueBryophyte Studies and Records
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesNational Institute for Basic BiologyInstitute of GeneticsInstitut National de la Recherche Agronomique
Mots-clésBasal bodyCytoplasmChromatinGeneFlagellumBiogenesisFunction (biology)PhylogeneticsMutant

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Oogamy is a form of sexual reproduction and evolved independently in animals, fungi, and plants. In streptophyte plants, Charophyceae, Coleochaetophyceae, bryophytes, lycophytes, ferns (monilophytes), and some gymnosperms (Cycads and Ginkgo) utilize spermatozoids as the male gamete. Plant spermatozoids commonly possess characteristic structures such as the spline, which consists of a microtubule array, the multilayered structure (MLS) in which the uppermost layer is continuum of the spline, and multiple flagella. However, the molecular mechanisms underpinning plant spermatogenesis remain to be elucidated. To identify the genes involved in plant spermatogenesis, we performed computational analyses and successfully found deeply divergent BLD10 s by combining multiple methods and omics-data. We then validated the functions of candidate genes in the liverwort Marchantia polymorpha and the moss Physcomitrium patens and found that Mp BLD10 and Pp BLD10 are required for normal basal body and flagella formation. Mp bld10 mutants exhibited defects in remodeling of the cytoplasm and nucleus during spermatozoid formation, thus Mp BLD10 should be involved in chromatin reorganization and elimination of the cytoplasm during spermiogenesis. Streptophyte BLD10s are orthologous to BLD10/CEP135 family proteins, which function in basal body assembly, but we found that BLD10s evolved especially fast in land plants and MpBLD10 might obtain additional functions in spermatozoid formation through the fast molecular evolution. This study provides a successful example of combinatorial study from evolutionary and molecular genetic perspectives that elucidated a function of the key protein of the basal body formation that fast evolved in land plants.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,551
Score d'incertitude au seuil0,869

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,025
Tête enseignante GPT0,226
Écart entre enseignants0,201 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2021
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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