Transcriptional Regulators of Suberin Biosynthesis in Arabidopsis thaliana
Notice bibliographique
Résumé
Like all vascular plants, the root endodermis of Arabidopsis thaliana contains aliphatic suberin, a cell wall-associated hydrophobic polymer that helps direct the symplastic movement of water and solutes into the central vasculature.The enzymes involved in suberin biosynthesis are relatively well characterized, but there are many gaps in our knowledge on how suberin biosynthesis is regulated.In this study, I demonstrate that Arabidopsis MYB41, MYB53, MYB92, and MYB93, which are R2R3 MYBtype transcription factors, can activate the transcription of suberin biosynthesis genes through their promoter (region 5' of the translation start site).Using a promoter: reporter deletion series, two regions of the promoter upstream region of the Arabidopsis FAR4 gene, which encodes a suberin biosynthetic enzyme, were determined to be important for specific expression in the root endodermis.AC-rich motifs, which are important for the recognition of DNA by specific MYB-type transcription factors, were enriched in the promoters of suberin biosynthesis genes.Although the important FAR4 promoter DNA segments contained these AC-rich motifs, I found no evidence of direct binding by MYB53, MYB92, and MYB93 using a yeast 1-hybrid assay.Lastly, the promoter of Arabidopsis WRKY56, which also encodes a transcription factor, was transcriptionally activated by MYB41, MYB53, MYB92, and MYB93.While WRKY56 had limited impact on root suberin deposition under non-stress conditions, bioinformatic evidence suggests that WRKY56 has a role under stress conditions.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».