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Enregistrement W3185055134 · doi:10.82308/11364

Searching for an exclusion mechanism in the evolution of neurotransmitter receptor subunits

2021· article· en· W3185055134 sur OpenAlexfundno aff
Eyre Nomi

Notice bibliographique

RevueeScholarship@McGill (McGill) · 2021
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueReceptor Mechanisms and Signaling
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of Canada
Mots-clésMechanism (biology)NeurotransmitterNeurotransmitter receptorGlycine receptorReceptorChemistryNeuroscienceBiologyBiochemistryAmino acidGlycinePhilosophyEpistemology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Récepteurs ionotropes pentamériques (pLGIC) sont des récepteurs de neurotransmetteurs qui assurent une transmission synaptique rapide et une contraction musculaire chez les animaux. A la jonction neuromusculaire, la liaison des ligands permet aux cations ou aux anions de passer à travers la membrane cellulaire post-synaptique et d'induire ou d'inhiber la contraction musculaire. D’un point de vu évolutif, la famille des sous-unités pLGIC est apparue avant que les eucaryotes ne divergent des procaryotes, puis s'est étendue à une famille qui lie un répertoire varié de ligands. Cette expansion s'est produite par la duplication de gènes suivie d'une divergence fonctionnelle, un processus contraint par des mécanismes d'assemblage des sous-unités et de traitement des récepteurs. Par conséquent, les détails de ce processus évolutif révéleront les caractéristiques de ces mécanismes sous-jacents. La duplication du gène de la sous-unité crée initialement des copies de gènes identiques, dont les produits protéiques respectifs peuvent s'assembler en un seul récepteur. Finalement, les gènes peuvent évoluer pour produire deux sous-unités distinctes qui n'interagissent pas, produisant des récepteurs homomériques séparés et distincts. Si ce phénomène s'est produit récemment, une modification minimale de la séquence devrait permettre d'identifier les mécanismes responsables.Cette étude porte sur deux sous-unités paralogues, Cel-ACR-20 et Cel-ACR-23, du nématode vivant de façon autonome, Caenorhabditis elegans. Toutes deux sont les produits de duplications de gènes au sein du groupe Caenorhabditis, qui se sont produit il y a environ 100 millions d'années, les séparant de leur ancêtre commun, MPTL-1. Ces sous-unités forment des récepteurs homomériques activés par la bétaïne, fournissant un modèle pour examiner l'évolution possible de l'exclusion mutuelle. Cela peut se faire par l'exclusion physique, ou par la séparation spatiale ou temporelle de l'expression des gènes. La première de ces sous-unités est abordée dans cette thèse. L'analyse du taux de substitution des codons a fourni la preuve que la pression de la sélection était différente pour la MPTL-1 et ses deux descendants, ce qui correspond à un changement de fonction. La reconstitution des récepteurs dans les ovocytes de Xenopus et l'étude électrophysiologique en potentiel imposé deux électrodes n'ont pas réussi à fournir la preuve de la formation d'un hétéromère entre Cel-ACR-20 et Cel-ACR-23. Un test plus sensible a été mis en place, utilisant la capacité des versions tronquées et non fonctionnelles de chaque sous-unité à s'incorporer dans les récepteurs fonctionnels et à en inhiber la formation. L'inhibition du récepteur apparenté et l'échec de l'inhibition d'un récepteur formé à partir de l'autre sous-unité suggèrent que la séquence protéique du peptide signal à l'extrémité de la seconde région transmembranaire s'est adaptée pour empêcher la liaison des deux sous-unités pour former un hétéromère. Ce travail a établit un modèle de système avec lequel le mécanisme spécifique qui exclut deux sous-unités du co-assemblage peut être déterminé. Puisque les pLGICs sont une cible importante des médicaments anthelminthiques, la compréhension de la régulation de l'oligomérisation des sous-unités aide à renforcer notre compréhension actuelle de la façon dont les cibles anthelminthiques peuvent changer chez les nématodes parasitaires et l'organisme modèle de laboratoire vivant en autonomie

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,002
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,008

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,002
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0010,002
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0020,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,023
Tête enseignante GPT0,254
Écart entre enseignants0,231 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2021
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