MétaCan
Menu
← Back to cohort
Record W3185055134 · doi:10.82308/11364

Searching for an exclusion mechanism in the evolution of neurotransmitter receptor subunits

2021· article· en· W3185055134 on OpenAlexfundno aff
Eyre Nomi

Bibliographic record

VenueeScholarship@McGill (McGill) · 2021
Typearticle
Languageen
FieldBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
TopicReceptor Mechanisms and Signaling
Canadian institutionsnot available
FundersNatural Sciences and Engineering Research Council of Canada
KeywordsMechanism (biology)NeurotransmitterNeurotransmitter receptorGlycine receptorReceptorChemistryNeuroscienceBiologyBiochemistryAmino acidGlycinePhilosophyEpistemology

Abstract

fetched live from OpenAlex

Récepteurs ionotropes pentamériques (pLGIC) sont des récepteurs de neurotransmetteurs qui assurent une transmission synaptique rapide et une contraction musculaire chez les animaux. A la jonction neuromusculaire, la liaison des ligands permet aux cations ou aux anions de passer à travers la membrane cellulaire post-synaptique et d'induire ou d'inhiber la contraction musculaire. D’un point de vu évolutif, la famille des sous-unités pLGIC est apparue avant que les eucaryotes ne divergent des procaryotes, puis s'est étendue à une famille qui lie un répertoire varié de ligands. Cette expansion s'est produite par la duplication de gènes suivie d'une divergence fonctionnelle, un processus contraint par des mécanismes d'assemblage des sous-unités et de traitement des récepteurs. Par conséquent, les détails de ce processus évolutif révéleront les caractéristiques de ces mécanismes sous-jacents. La duplication du gène de la sous-unité crée initialement des copies de gènes identiques, dont les produits protéiques respectifs peuvent s'assembler en un seul récepteur. Finalement, les gènes peuvent évoluer pour produire deux sous-unités distinctes qui n'interagissent pas, produisant des récepteurs homomériques séparés et distincts. Si ce phénomène s'est produit récemment, une modification minimale de la séquence devrait permettre d'identifier les mécanismes responsables.Cette étude porte sur deux sous-unités paralogues, Cel-ACR-20 et Cel-ACR-23, du nématode vivant de façon autonome, Caenorhabditis elegans. Toutes deux sont les produits de duplications de gènes au sein du groupe Caenorhabditis, qui se sont produit il y a environ 100 millions d'années, les séparant de leur ancêtre commun, MPTL-1. Ces sous-unités forment des récepteurs homomériques activés par la bétaïne, fournissant un modèle pour examiner l'évolution possible de l'exclusion mutuelle. Cela peut se faire par l'exclusion physique, ou par la séparation spatiale ou temporelle de l'expression des gènes. La première de ces sous-unités est abordée dans cette thèse. L'analyse du taux de substitution des codons a fourni la preuve que la pression de la sélection était différente pour la MPTL-1 et ses deux descendants, ce qui correspond à un changement de fonction. La reconstitution des récepteurs dans les ovocytes de Xenopus et l'étude électrophysiologique en potentiel imposé deux électrodes n'ont pas réussi à fournir la preuve de la formation d'un hétéromère entre Cel-ACR-20 et Cel-ACR-23. Un test plus sensible a été mis en place, utilisant la capacité des versions tronquées et non fonctionnelles de chaque sous-unité à s'incorporer dans les récepteurs fonctionnels et à en inhiber la formation. L'inhibition du récepteur apparenté et l'échec de l'inhibition d'un récepteur formé à partir de l'autre sous-unité suggèrent que la séquence protéique du peptide signal à l'extrémité de la seconde région transmembranaire s'est adaptée pour empêcher la liaison des deux sous-unités pour former un hétéromère. Ce travail a établit un modèle de système avec lequel le mécanisme spécifique qui exclut deux sous-unités du co-assemblage peut être déterminé. Puisque les pLGICs sont une cible importante des médicaments anthelminthiques, la compréhension de la régulation de l'oligomérisation des sous-unités aide à renforcer notre compréhension actuelle de la façon dont les cibles anthelminthiques peuvent changer chez les nématodes parasitaires et l'organisme modèle de laboratoire vivant en autonomie

Fetched live from OpenAlex and de-inverted. Abstracts are not stored in this database: the inverted indexes are 8.6 GB of the frame’s 9.3 GB of text, and the host has 13 GB free.

How this classification was reachedexpand

Full frame machine prediction

Teacher imitation

Not calibrated prevalence, not ground truth. Human validation pending. The Gemma side is a direct model label for every work in the frame, read from the title-only record. The Codex side is a classifier learned from the 10,348 direct Codex labels and calibrated to design-weighted sample rates; fields without enough sample support carry no Codex call. Candidate is the union of the two sides; consensus is their intersection. These outputs are machine_predicted_unvalidated and are not human labels.

metaresearch head score (Codex)0.001
metaresearch head score (Gemma)0.002
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cValidation status: machine_predicted_unvalidated
Candidate categoriesnone
Consensus categoriesnone
DomainCandidate signal: none · Consensus signal: none
Study designCandidate signal: Bench or experimental · Consensus signal: Bench or experimental
GenreCandidate signal: Empirical · Consensus signal: Empirical
Teacher disagreement score0.002
Threshold uncertainty score0.008

Distilled classifier scores by category (both heads)

CategoryCodexGemma
Metaresearch0.0010.002
Meta-epidemiology (narrow)0.0000.000
Meta-epidemiology (broad)0.0010.001
Bibliometrics0.0010.001
Science and technology studies0.0010.001
Scholarly communication0.0010.002
Open science0.0010.001
Research integrity0.0020.001
Insufficient payload (model declined to judge)0.0020.001

Machine scores (provisional)

The two teacher heads of the student model, read on this work. A score orders the frame for review; it never asserts a category, and the validation status ships verbatim with every row.

Baseline scores from an immature model (maturity gate not passed, 7 training rounds). Scores rank; they never assert a category.

Opus teacher head0.023
GPT teacher head0.254
Teacher spread0.231 · how far apart the two teachers sit on this one work
Validation statusscore_only:v0-immature-baseline · verbatim from the scoring run: score_only means the number may rank works, and no category label ships from it

Classification

machine, unvalidated

Machine predicted; a candidate call from one source (direct Gemma or distilled Codex), not a consensus.

The models applied no category: nothing in the taxonomy fit this work.
Study designBench or experimental
Domainnot available
GenreEmpirical

How this classification was reached, model by model and score by score, is at the end of the page under "How this classification was reached".

Quick stats

Citations0
Published2021
Admission routes1
Has abstractyes

Explore more

Same venueeScholarship@McGill (McGill)→Same topicReceptor Mechanisms and Signaling→French-language works237,207→