Whole-genome sequencing of H3K4me3 and DNA methylation in human sperm reveals regions of overlap linked to fertility and development
Notice bibliographique
Résumé
The paternal environment has been linked to infertility and negative outcomes. Such effects may be transmitted via sperm through histone modifications. To date, in-depth profiling of the sperm chromatin in men has been limited. Here, we use deep sequencing to characterize the sperm profiles of histone H3 lysine 4 tri-methylation (H3K4me3) and DNA methylation in a representative reference population of 37 men. Our analysis reveals that H3K4me3 is localized throughout the genome and at genes for fertility and development. Remarkably, enrichment is also found at regions that escape epigenetic reprogramming in primordial germ cells, embryonic enhancers, and short-interspersed nuclear elements (SINEs). There is significant overlap in H3K4me3 and DNA methylation throughout the genome, suggesting a potential interplay between these marks previously reported to be mutually exclusive in sperm. Comparisons made between H3K4me3 marked regions in sperm and the embryonic transcriptome suggest an influence of paternal chromatin on embryonic gene expression.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».