A Multi‐center Genome‐wide Association Study of Cervical Dystonia
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT Background Several monogenic causes for isolated dystonia have been identified, but they collectively account for only a small proportion of cases. Two genome‐wide association studies have reported a few potential dystonia risk loci; but conclusions have been limited by small sample sizes, partial coverage of genetic variants, or poor reproducibility. Objective To identify robust genetic variants and loci in a large multicenter cervical dystonia cohort using a genome‐wide approach. Methods We performed a genome‐wide association study using cervical dystonia samples from the Dystonia Coalition. Logistic and linear regressions, including age, sex, and population structure as covariates, were employed to assess variant‐ and gene‐based genetic associations with disease status and age at onset. We also performed a replication study for an identified genome‐wide significant signal. Results After quality control, 919 cervical dystonia patients compared with 1491 controls of European ancestry were included in the analyses. We identified one genome‐wide significant variant (rs2219975, chromosome 3, upstream of COL8A1, P‐value 3.04 × 10−8). The association was not replicated in a newly genotyped sample of 473 cervical dystonia cases and 481 controls. Gene‐based analysis identified DENND1A to be significantly associated with cervical dystonia (P‐value 1.23 × 10−6). One low‐frequency variant was associated with lower age‐at‐onset (16.4 ± 2.9 years, P‐value = 3.07 × 10−8, minor allele frequency = 0.01), located within the GABBR2 gene on chromosome 9 (rs147331823). Conclusion The genetic underpinnings of cervical dystonia are complex and likely consist of multiple distinct variants of small effect sizes. Larger sample sizes may be needed to provide sufficient statistical power to address the presumably multi‐genic etiology of cervical dystonia. © 2021 International Parkinson and Movement Disorder Society
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».