Enregistrement W3194359278 · doi:10.1038/s41592-022-01415-4

MITI minimum information guidelines for highly multiplexed tissue images

2022· article· en· W3194359278 sur OpenAlexfundno aff

Denis Schapiro, Clarence Yapp, Artem Sokolov, Sheila M. Reynolds, Damir Sudar, Yubin Xie, Jeremy L. Muhlich, Raquel Arias-Camison, Sarah Arena, Adam Taylor, Milen Nikolov, Madison Tyler, Jia‐Ren Lin, Erik Burlingame, Daniel L. Abravanel, Samuel Achilefu, Foluso O. Ademuyiwa, Andrew Adey, Rebecca Aft, Khung Jun Ahn, Fatemeh Alikarami‬, Shahar Alon, Orr Ashenberg, Ethan Baker, Gregory J. Baker, Shovik Bandyopadhyay, Peter O. Bayguinov, Jennifer Beane, Winston R. Becker, Kathrin M. Bernt, Courtney B. Betts, Julie Bletz, Tim Blosser, Adrienne Boire, Genevieve M. Boland, Edward S. Boyden, Elmar Bucher, Raphael Bueno, Qiuyin Cai, Francesco Cambuli, Joshua D. Campbell, Song Cao, Wagma Caravan, Ronan Chaligné, Joseph M. Chan, Sara E. Chasnoff, Deyali Chatterjee, Alyce A. Chen, Changya Chen, Chia‐Hui Chen, Bob Chen, Feng Chen, Siqi Chen, Milan G. Chheda, Koei Chin, Hyeyoung Cho, Jaeyoung Chun, Luis Cisneros, Robert J. Coffey, Ofir Cohen, Graham A. Colditz, Kristina A. Cole, Natalie B. Collins, Daniel J. Cotter, Lisa M. Coussens, Shannon Coy, Allison Creason, Yi Cui, Daniel Cui Zhou, Christina Curtis, Sherri R. Davies, Ino de Bruijn, Toni Delorey, Emek Demir, David G. DeNardo, Dinh Diep, Li Ding, John F. DiPersio, Steven M. Dubinett, Timothy J. Eberlein, James A. Eddy, Edward D. Esplin, Rachel E. Factor, Kayvon Fatahalian, Heidi S. Feiler, José M. Fernández, Andrew J. Fields, Ryan C. Fields, James A. J. Fitzpatrick, James M. Ford, Jeff Franklin, Bob Fulton, Giorgio Gaglia, Luciano Galdieri, Karuna Ganesh, Jianjiong Gao, Benjamin L. Gaudio, Gad Getz, David L. Gibbs, William E. Gillanders, Jeremy Goecks, Daniel Goodwin, Joe W. Gray, William J. Greenleaf, Lars J. Grimm, Qiang Gu, Jennifer L. Guerriero, Tuhin K. Guha, Alexander R. Guimarães, Belén Gutiérrez‐Gutiérrez, Nir Hacohen, Casey Ryan Hanson, Coleman R. Harris, William G. Hawkins, Cody N. Heiser, John Hoffer, Travis J. Hollmann, James J. Hsieh, Jeffrey Huang, Stephen P. Hunger, Eun-Sil Shelley Hwang, Christine A. Iacobuzio–Donahue, Michael D. Iglesia, Mohammad Hayatul Islam, Benjamin Izar, Connor A. Jacobson, Sam M. Janes, Reyka G. Jayasinghe, Tiarah Jeudi, Bruce E. Johnson, Brett Johnson, Tao Ju, Humam Kadara, Elias-Ramzey Karnoub, Alla Y. Karpova, Aziz Khan, Warren A. Kibbe, Albert H. Kim, Lorraine King, Elyse Kozlowski, Praveen Krishnamoorthy, Robert Krueger, Anshul Kundaje, Uri Ladabaum, Rozelle Laquindanum, Clarisse Lau, Ken S. Lau, Nicole R. LeBoeuf, Hayan Lee, Marc E. Lenburg, Ignaty Leshchiner, Rochelle Levy, Yize Li, Christine G. Lian, Wen-Wen Liang, Kian‐Huat Lim, Yiyun Lin, David Liu, Qi Liu, Ruiyang Liu, Joseph Y. Lo, Pierrette Lo, William J.R. Longabaugh, Teri A. Longacre, Katie Luckett, X. Cynthia, Christopher G. Maher, Allison Maier, Danika Makowski, Carlo C. Maley, Zoltan Maliga, Parvathy Manoj, John M. Maris, Nick Markham, Jeffrey R. Marks, Daniel Martínez, Jay R. Mashl, Ignas Masilionis, Joan Massagué, Marciej A. Mazurowski, Eliot T. McKinley, Joshua F. McMichael, Matthew Meyerson, Gordon B. Mills, Zahi Mitri, Andrew Moorman, Jacqueline L. Mudd, Gëorge F. Murphy, Nataly Naser Al Deen, Nicholas E. Navin, Tal Nawy, Reid M. Ness, Stephanie Nevins, Ajit J. Nirmal, Edward Novikov, Stephen T. Oh, Derek A. Oldridge, Kouros Owzar, Shishir M. Pant, Wungki Park, Gary J. Patti, Kristina Paul, Roxanne J. Pelletier, Daniel Persson, Candi Petty, Hanspeter Pfister, Kornélia Polyák, Sidharth V. Puram, Qi Qiu, Álvaro Quintanal Villalonga, Marisol Ramirez, Rumana Rashid, Ashley N. Reeb, Mary E. Reid, Ján Remšík, Jessica L. Riesterer, Tyler Risom, Cecily C. Ritch, Andrea Rolong, Charles M. Rudin, Marc D. Ryser, Kazuhito Sato, Cynthia L. Sears, Yevgeniy R. Semenov, Jeanne Shen, Kooresh I. Shoghi, Martha J. Shrubsole, Yu Shyr, Alexander B. Sibley, Alan J. Simmons, Anubhav Sinha, Shamilene Sivagnanam, Sheng-Kwei Song, Austin Southar-Smith, Avrum Spira, Jeremy St. Cyr, Stephanie Stefankiewicz, Erik Storrs, Elizabeth H. Stover, Siri H. Strand, Cody Straub, Cherease Street, Timothy Su, Lea F. Surrey, Christine Suver, Kai Tan, Nadezhda V. Terekhanova, Luke Ternes, Anusha Thadi, George Thomas, Rob Tibshirani, Shigeaki Umeda, Yasin Uzun, Tuulia Vallius, Eliezer R. Van Allen, Simon Vandekar, Paige N. Vega, Deborah J. Veis, Sujay Vennam, Ana Verma, Sébastien Vigneau, Nikhil Wagle, Richard Wahl, Thomas Walle, Liang-Bo Wang, Simon Warchol, M. Kay Washington, Cameron Watson, Annika K. Weimer, Michael C. Wendl, Robert B. West, Shannon White, Annika Windon, Hao Wu, Chi-Yun Wu, Yige Wu, Matthew A. Wyczalkowski, Jason Xu, Lijun Yao, Wenbao Yu, Kun Zhang, Xiangzhu Zhu, Young Hwan Chang, Samouil L. Farhi, Vésteinn Thórsson, Nithya Venkatamohan, Julia L. Drewes, Dana Pe’er, David A. Gutman, Markus D. Herrmann, Nils Gehlenborg, Peter Bankhead, Joseph T. Roland, John M. Herndon, M Snyder, Michael Angelo, Garry P. Nolan, Jason R. Swedlow, Nikolaus Schultz, Daniel T. Merrick, Sarah A. Mazzili, Ethan Cerami, Scott J. Rodig, Sandro Santagata, Peter K. Sorger

Notice bibliographique

RevueNature Methods · 2022

Typearticle

Langueen

DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology

ThématiqueSingle-cell and spatial transcriptomics

Établissements canadiensnon disponible

Organismes subventionnairesInstitute of GeneticsNational Cancer InstituteNational Human Genome Research InstituteLudwig Center at HarvardDana-Farber Cancer InstituteSchool of Medicine, Vanderbilt UniversitySchool of Medicine, Stanford UniversityUniversitätsklinikum HeidelbergMemorial Sloan-Kettering Cancer CenterJohns Hopkins UniversityBroad InstituteVanderbilt University Medical CenterOregon Health and Science UniversityVanderbilt UniversityDamon Runyon Cancer Research FoundationChildren's Hospital of PhiladelphiaSchool of Medicine, Emory UniversityBundesministerium für Bildung und ForschungDepartment of Systems Biology, Harvard Medical SchoolNational Science FoundationMassachusetts General HospitalBrigham and Women's HospitalEmory UniversityKlarman Cell Observatory, Broad InstituteUniversity of DundeeNational Institutes of HealthSchweizerischer Nationalfonds zur Förderung der Wissenschaftlichen ForschungU.S. Department of Health and Human Services

Mots-clésMetadataMultiplexingComputer scienceMicroscopyGenomicsComputational biologyBiologyGenomePathologyWorld Wide WebMedicineGeneGenetics

DOI10.1038/s41592-022-01415-4

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Aucun résumé dans les sources couvertes. Son absence est consignée, pas traitée comme un négatif.

Aucun résumé. Ce n'est pas une lacune de cette base de données : OpenAlex n'en a pas non plus. 23,3 % de la base est dans cet état, et le tri y repère MOITIÉ moins de métarecherche ; l'absence est donc un biais mesuré, et non un champ manquant.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,008

score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,021

Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated

Catégories candidatesMétarecherche

Catégories consensuellesaucune

DomaineSignal candidat: Présentation des résultats · Signal consensuel: aucune

Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: Sans objet

GenreSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: Méthodes

Score de désaccord entre enseignants0,992

Score d'incertitude au seuil0,501

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

Catégorie	Codex	Gemma
Métarecherche	0,008	0,021
Méta-épidémiologie (sens strict)	0,002	0,004
Méta-épidémiologie (sens large)	0,002	0,002
Bibliométrie	0,006	0,003
Études des sciences et des technologies	0,002	0,001
Communication savante	0,003	0,003
Science ouverte	0,006	0,004
Intégrité de la recherche	0,005	0,003
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)	0,150	0,140

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,036

Tête enseignante GPT0,392

Écart entre enseignants0,356 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail

Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle