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Enregistrement W3196289286 · doi:10.1101/2021.08.30.21262305

Genetic Factors Associated with Prostate Cancer Conversion from Active Surveillance to Treatment

2021· preprint· en· W3196289286 sur OpenAlexaff
Yu Jiang, Travis J. Meyers, Adaeze A. Emeka, Lauren Folgosa Cooley, Phillip R. Cooper, Nicola Lancki, Irene Helenowski, Linda Kachuri, Daniel W. Lin, Janet L. Stanford, Lisa F. Newcomb, Suzanne Kolb, Antonio Finelli, Neil Fleshner, Maria Komisarenko, James A. Eastham, Behfar Ehdaie, Nicole Benfante, Christopher J. Logothetis, Justin R. Gregg, Cherie Perez, Sergio Garza, Jeri Kim, Leonard S. Marks, Merdie Delfin, Danielle Barsa, Danny Vesprini, Laurence Klotz, Andrew Loblaw, Alexandre Mamedov, S. Larry Goldenberg, Celestia S. Higano, Maria Spillane, Eugenia Wu, H. Ballentine Carter, Christian P. Pavlovich, Mufaddal Mamawala, Tricia Landis, Peter R. Carroll, June M. Chan, Matthew R. Cooperberg, Janet E. Cowan, Todd M. Morgan, Javed Siddiqui, Rabia Martin, Eric A. Klein, Karen Brittain, Paige Gotwald, Daniel A. Barocas, Jennifer Gordetsky, Pam Steele, Shilajit Kundu, Jazmine Stockdale, Monique J. Roobol, Lionne D. F. Venderbos, Martin G. Sanda, Rebecca S. Arnold, Dattatraya Patil, Christopher P. Evans, Marc Dall’Era, Anjali Vij, Anthony J. Costello, Ken Chow, Niall M. Corcoran, Soroush Rais‐Bahrami, Courtney Phares, Douglas S. Scherr, Thomas R. Flynn, R. Jeffrey Karnes, Michael O. Koch, Courtney Rose Dhondt, Joel B. Nelson, Dawn McBride, Michael S. Cookson, Kelly Stratton, Stephen Farriester, Erin Hemken, Walter M. Stadler, Tuula Pera, Deimante Banionyte, Fernando J. Bianco, Isabel H. Lopez, Stacy Loeb, Samir S. Taneja, Nataliya Byrne, Christopher L. Amling, Ann Martinez, Luc Boileau, Franklin Gaylis, Jacqueline Petkewicz, Nicholas Kirwen, Brian T. Helfand, Jianfeng Xu, Denise Scholtens, William J. Catàlona, John S. Witte

Notice bibliographique

RevuemedRxiv · 2021
Typepreprint
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueProstate Cancer Treatment and Research
Établissements canadiensSunnybrook Health Science CentrePrincess Margaret Cancer CentreUniversity of British ColumbiaUniversity Health Network
Organismes subventionnairesNational Center for Advancing Translational SciencesNorthShore University HealthSystemUniversity of MichiganNational Cancer InstituteCollege of Pharmacy, University of MichiganNational Institutes of HealthVanderbilt UniversityU.S. Department of Defense
Mots-clésProstate cancerSingle-nucleotide polymorphismHazard ratioGenome-wide association studyMedicineOncologyConfidence intervalInternal medicineSNPDecileCancerGermlineProstate-specific antigenGeneticsBiologyGeneGenotype

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Men diagnosed with low-risk prostate cancer (PC) are increasingly electing active surveillance (AS) as their initial management strategy. While this may reduce the side effects of treatment for prostate cancer, many men on AS eventually convert to active treatment. PC is one of the most heritable cancers, and genetic factors that predispose to aggressive tumors may help distinguish men who are more likely to discontinue AS. To investigate this, we undertook a multi-institutional genome-wide association study (GWAS) of 6,361 PC patients who initially elected AS and were followed over time for the potential outcome of conversion from AS to active treatment. In the GWAS we detected 18 single nucleotide polymorphisms (SNPs) associated with conversion, 15 of which were not previously associated with PC risk. We found two genes associated with conversion ( MAST3 , p = 6.9×10 -7 and GAB2 , p = 2.0×10 -6 ). Moreover, increasing values of a previously validated 269-SNP genetic risk score (GRS) for PC was positively associated with conversion (e.g., comparing the highest to the two middle deciles gave a hazard ratio [HR] = 1.13; 95% Confidence Interval [CI]= 0.94-1.36); whereas, decreasing values of a 36-variant GRS for prostate-specific antigen (PSA) levels were positively associated with conversion (e.g., comparing the lowest to the two middle deciles gave a HR = 1.25; 95% CI, 1.04-1.50). These results suggest that germline genetics may help inform and individualize the decision of AS—or the intensity of monitoring on AS— versus treatment for the initial management of patients with low-risk PC.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,002
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,006

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,002
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,044
Tête enseignante GPT0,317
Écart entre enseignants0,273 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations14
Publié2021
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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