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Enregistrement W3198297627 · doi:10.21203/rs.3.rs-649284/v1

Altered RNA splicing initiates the viral mimicry response from inverted SINEs following type I PRMT inhibition in Triple-Negative Breast Cancer

2021· preprint· en· W3198297627 sur OpenAlexafffund
C.H. Arrowsmith, Qin Wu, Wail alawi, Jennifer Cruickshank, Jillian Haight, YiShuai Ji, Felipe E. Ciamponi, Yudao Shen, Jing Liu, Jocelyn Chen, Shili Duan, Sajid A. Marhon, Parinaz Mehdipour, Magdalena M. Szewczyk, Nergiz Artun, Wenjun Chen, Lan-Xin Zhang, Geneviève Deblois, Panagiotis Prinos, Katlin Maussirer, Dalia Baršytė-Lovejoy, Jian Jin, Daniel D. De Carvalho, Benjamin Haibe‐Kains, David W. Cescon, Mathieu Lupien

Notice bibliographique

RevueResearch Square · 2021
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueCancer-related gene regulation
Établissements canadiensUniversité de MontréalPrincess Margaret Cancer CentreInstitute for Research in Immunology and CancerUniversity of TorontoUniversity Health NetworkStructural Genomics Consortium
Organismes subventionnairesTerry Fox Research InstituteFundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São PauloOntario Institute for Cancer ResearchPrincess Margaret Cancer FoundationGovernment of OntarioCanadian Institutes of Health ResearchCancer Research Society
Mots-clésTriple-negative breast cancerMimicryRNA splicingBiologyBreast cancerAlternative splicingRNACancerGeneticsGeneMessenger RNAEcology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Triple negative breast cancer (TNBC) is the most aggressive breast cancer subtype with the worst prognosis and few effective therapies. Here, we undertook a screen of epigenetic chemical probes to systematically uncover the epigenetic regulators critical for TNBC growth. We identified MS023, an inhibitor of type I protein arginine methyltransferases (PRMTs), as having anti-tumor growth activity in TNBC in vitro and in vivo. Pathway analysis of TNBC cell lines indicates that the activation of interferon responses pre- and post-MS023 treatment is a functional biomarker and determinant of response; and these observations extend to a panel of patient-derived organoids. Inhibition of type I PRMT triggers an interferon response through the antiviral defense pathway with the induction of double-stranded RNA (dsRNA). The observed dsRNA accumulation is derived, at least in part, from inverted-repeat Alus (IR-Alus), many of which are expressed from retained introns induced by MS023, which inhibits arginine methylation of RNA-binding proteins and alters mRNA splicing machinery. Together, our results represent a shift in understanding the anti-tumor mechanism of type I PRMT inhibitors and provide a novel rationale and biomarker approach for the clinical development of type I PRMT inhibitors.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,197
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,039
Tête enseignante GPT0,364
Écart entre enseignants0,325 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2021
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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