Predictability of polygenic risk score for progression to dementia and its interaction with APOE ε4 in mild cognitive impairment
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background The combinatorial effect of multiple genetic factors calculated as a polygenic risk score (PRS) has been studied to predict disease progression to Alzheimer’s disease (AD) from mild cognitive impairment (MCI). Previous studies have investigated the performance of PRS in the prediction of disease progression to AD by including and excluding single nucleotide polymorphisms within the region surrounding the APOE gene. These studies may have missed the APOE genotype-specific predictability of PRS for disease progression to AD. Methods We analyzed 732 MCI from the Alzheimer’s Disease Neuroimaging Initiative cohort, including those who progressed to AD within 5 years post-baseline ( n = 270) and remained stable as MCI ( n = 462). The predictability of PRS including and excluding the APOE region (PRS + APOE and PRS − APOE ) on the conversion to AD and its interaction with the APOE ε4 carrier status were assessed using Cox regression analyses. Results PRS + APOE (hazard ratio [HR] 1.468, 95% CI 1.335–1.615) and PRS − APOE (HR 1.293, 95% CI 1.157–1.445) were both associated with a significantly increased risk of MCI progression to dementia. The interaction between PRS + APOE and APOE ε4 carrier status was significant with a P -value of 0.0378. The association of PRSs with the progression risk was stronger in APOE ε4 non-carriers (PRS + APOE : HR 1.710, 95% CI 1.244–2.351; PRS − APOE : HR 1.429, 95% CI 1.182–1.728) than in APOE ε4 carriers (PRS + APOE : HR 1.167, 95% CI 1.005–1.355; PRS − APOE : HR 1.172, 95% CI 1.020–1.346). Conclusions PRS could predict the conversion of MCI to dementia with a stronger association in APOE ε4 non-carriers than APOE ε4 carriers. This indicates PRS as a potential genetic predictor particularly for MCI with no APOE ε4 alleles.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,008 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».