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Enregistrement W3199562573 · doi:10.1038/s41531-021-00231-5

Fine mapping of the HLA locus in Parkinson’s disease in Europeans

2021· article· en· W3199562573 sur OpenAlexafffund
Eric Yu, Aditya Ambati, Maren Stolp Andersen, Lynne Krohn, Mehrdad A. Estiar, Prabhjyot Saini, Konstantin Senkevich, Yuri L. Sosero, Ashwin Ashok Kumar Sreelatha, Jennifer A. Ruskey, Farnaz Asayesh, Dan Spiegelman, Mathias Toft, Marte K. Viken, Manu Sharma, Cornelis Blauwendraat, Lasse Pihlstrøm, Emmanuel Mignot, Ziv Gan‐Or

Notice bibliographique

Revuenpj Parkinson s Disease · 2021
Typearticle
Langueen
DomaineImmunology and Microbiology
ThématiqueT-cell and B-cell Immunology
Établissements canadiensMcGill UniversityMcGill Genome CentreMontreal Neurological Institute and Hospital
Organismes subventionnairesFonds de Recherche du Québec - SantéAvid RadiopharmaceuticalsSanofi GenzymeGenentechH. Lundbeck A/SServierAllerganNational Institutes of HealthBristol-Myers SquibbConsortium canadien en neurodégénérescence associée au vieillissementCanada First Research Excellence FundParkinson CanadaVoyager TherapeuticsDenali TherapeuticsNeurocrine BiosciencesMcGill UniversityPfizerBiogenCelgeneVerily Life SciencesTeva Pharmaceutical IndustriesSanofiGlaxoSmithKlineEli Lilly and CompanyMichael J. Fox Foundation for Parkinson's Research
Mots-clésHuman leukocyte antigenLocus (genetics)Parkinson's diseaseDiseaseHaplotypeGeneticsGenetic associationAlleleBiologyImmunologyMedicineAntigenInternal medicineSingle-nucleotide polymorphismGenotypeGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract We fine mapped the leukocyte antigen ( HLA) region in 13,770 Parkinson’s disease (PD) patients, 20,214 proxy-cases, and 490,861 controls of European origin. Four HLA types were associated with PD after correction for multiple comparisons, HLA-DQA1 *03:01, HLA-DQB1 *03:02, HLA-DRB1 *04:01, and HLA-DRB1 *04:04. Haplotype analyses followed by amino acid analysis and conditional analyses suggested that the association is protective and primarily driven by three specific amino acid polymorphisms present in most HLA-DRB1 *04 subtypes—11V, 13H, and 33H (OR = 0.87, 95% CI: 0.83–0.90, p < 8.23 × 10 −9 for all three variants). No other effects were present after adjustment for these amino acids. Our results suggest that specific HLA-DRB1 variants are associated with reduced risk of PD, providing additional evidence for the role of the immune system in PD. Although effect size is small and has no diagnostic significance, understanding the mechanism underlying this association may lead to the identification of new targets for therapeutics development.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,385
Score d'incertitude au seuil0,984

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,014
Tête enseignante GPT0,218
Écart entre enseignants0,204 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations73
Publié2021
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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