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Enregistrement W3200833013 · doi:10.26434/chemrxiv.9914378.v1

A Diversified Machine Learning Strategy for Predicting and Understanding Molecular Melting Points

2019· preprint· en· W3200833013 sur OpenAlexaff
Ganesh Sivaraman, Nicholas E. Jackson, Benjamín Sánchez-Lengeling, Álvaro Vázquez‐Mayagoitia, Alán Aspuru‐Guzik, Venkatram Vishwanath, Juan Pablo

Notice bibliographique

RevueChemRxiv · 2019
Typepreprint
Langueen
DomaineComputer Science
ThématiqueComputational Drug Discovery Methods
Établissements canadiensVector InstituteUniversity of TorontoCanadian Institute for Advanced Research
Organismes subventionnairesArgonne National LaboratoryOffice of ScienceU.S. Department of Energy
Mots-clésAutoencoderComputer scienceMolecular graphCluster analysisEmbeddingGraphMachine learningArtificial intelligenceArtificial neural networkUnsupervised learningQuantum chemicalGaussianData miningTheoretical computer scienceMoleculeChemistryComputational chemistry

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The ability to predict multi-molecule processes, using only knowledge of single molecule structure, stands as a grand challenge for molecular modeling. Methods capable of predicting melting points (MP) solely from chemical structure represent a canonical example, and are highly desirable in many crucial industrial applications. In this work, we explore a data-driven approach utilizing machine learning (ML) techniques to predict and understand the MP of molecules. Several experimental databases are aggregated from the literature to design a low-bias dataset that includes 3D structural and quantum-chemical properties. Using experimental and polymorph-induced uncertainties, we derive a tenable lower limit for MP prediction accuracy, and apply graph neural networks and Gaussian processes to predict MP competitive with these error bounds. To further understand how MP correlates with molecular structure, we employ several semi-supervised and unsupervised ML techniques. First, we use unsupervised clustering methods to identify classes of molecules, their common fragments, and expected errors for each data set. We then build molecular geometric spaces shaped by MP with a semi-supervised variational autoencoder and graph embedding spaces, and apply graph attribution methods to highlight atom-level contributions to MP within the datasets. Overall, this work serves as a case study of how to employ a diversified ML toolkit to predict and understand correlations between molecular structures and thermophysical properties of interest.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Simulation ou modélisation · Signal consensuel: Simulation ou modélisation
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,778
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,002
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,090
Tête enseignante GPT0,319
Écart entre enseignants0,229 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeSimulation ou modélisation
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations4
Publié2019
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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