Integrating Taxonomic Names and Concepts from Paper and Digital Sources for a New Flora of Alaska
Notice bibliographique
Résumé
The taxonomic foundation of a new regional flora or monograph is the reconciliation of pre-existing names and taxonomic concepts (i.e., variation in usage of those names). This reconciliation is traditionally done manually, but the availability of taxonomic resources online and of text manipulation software means that some of the work can now be automated, speeding up the development of new taxonomic products. As a contribution to developing a new Flora of Alaska (floraofalaska.org), we have digitized the main pre-existing flora (Hultén 1968) and combined it with key online taxonomic name sources (Panarctic Flora, Flora of North America, International Plant Names Index - IPNI, Tropicos, Kew’s World Checklist of Selected Plant Families), to build a canonical list of names anchored to external Globally Unique Identifiers (GUIDs) (e.g., IPNI URLs). We developed taxonomically-aware fuzzy-matching software ( matchnames , Webb 2020) to identify cognates in different lists. The taxa for which there are variations between different sources in accepted names and synonyms are then flagged for review by taxonomic experts. However, even though names may be consistent across previous monographs and floras, the taxonomic concept (or circumscription) of a name may differ among authors, meaning that the way an accepted name in the flora is applied may be unfamiliar to the users of previous floras. We therefore have begun to manually align taxonomic concepts across five existing floras: Panarctic Flora, Flora of North America, Cody’s Flora of the Yukon (Cody 2000), Welsh’s Flora (Welsh 1974) and Hultén’s Flora (Hultén 1968), analysing usage and recording the Region Connection Calculus (RCC-5) relationships between taxonomic concepts common to each source. So far, we have mapped taxa in 13 genera, containing 557 taxonomic concepts and 482 taxonomic concept relationships. To facilitate this alignment process we developed software ( tcm , Webb 2021) to record publications, names, taxonomic concepts and relationships, and to visualize the taxonomic concept relationships as graphs. These relationship graphs have proved to be accessible and valuable in discussing the frequently complex shifts in circumscription with the taxonomic experts who have reviewed the work. The taxonomic concept data are being integrated into the larger dataset to permit users of the new flora to instantly see both the chain of synonymy and concept map for any name. We have also worked with the developer of the Arctos Collection Management Solution (a database used for the majority of Alaskan collections) on new data tables for storage and display of taxonomic concept data. In this presentation, we will describe some of the ideas and workflows that may be of value to others working to connect across taxonomic resources.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».