Global DNA 5hmC and CK195hmC+ Contents: A Promising Biomarker for Predicting Prognosis in Small Hepatocellular Carcinoma
Notice bibliographique
Résumé
Background: 5-Hydroxymethylcytosine (5hmC) with dynamic existence possesses multiple regulatory functions. Whereas, 5hmC’s impact on small hepatocellular carcinoma (SHCC) remains unclear. The present work focused on characterizing 5hmC content within SHCC and assessing the possibility of using global genomic 5hmC level as the predicative factor of clinical outcome. Methods: This study applied ultra-high-performance liquid chromatography-tandem mass spectrometry (UHPLC-MS/MS) in measuring 5mC, 5fC and 5hmC contents. In addition, immunohistochemistry (IHC) was adopted to measure CK19 and 5hmC contents. Results: Research showed 5mC, 5hmC, and 5fC contents from global genomics of SHCC reduced extensively compared with healthy samples (p < 0.001). Moreover, SHCC was associated with lymph node metastasis (LNM). Greater 5mC and 5hmC levels were observed in non-metastasis group compared with the metastasis group (p < 0.001). Correlation analysis between the HBV DNA level and 5mC, 5fC and 5hmC levels exhibited that HBV DNA was associated with 5mC, 5hmC, and 5fC content reduction, which was verified in the cytological experiments. Moreover, 5hmC content had a negative correlation with the expression level of CK19 in SHCC. The decrease in 5hmC and CK19 containing 5hmC positive cell (called CK195hmC+) should be ascribed to the bad prognosis among SHCC patients. Conclusions: The contents of 5hmC and CK195hmC+ of genomic DNA might be adopted for predicting SHCC survival as an important biomarker.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».