Development of Polymorphic SSR Markers in <i>Vallisneria</i> Based on RAD seq
Notice bibliographique
Résumé
Vallisneria belongs to Hydrocharitaceae, which is a pioneer species of ecological restoration in waters. In order to carry out a more comprehensive SSR analysis of Vallisneria , we used the restriction-site associated DNA sequencing (RAD-seq) technology to analyze Simple Sequence Repeats (SSR) information of Vallisneria , SSR markers and primer of Vallisneria were developed based on RAD-seq data．Among which ,366 simple sequence repeats (SSR) loci were detected. Primers of 355 loci were designed successfully, and the two base repeat type SSR loci were the largest (59.56%). Finally, we confirmed 23 pairs of polymorphic SSR primers after the screening and validation. The analysis results by Genepop software showed that the mean number of alleles of the 23 loci is 3.26, and these loci do not link to each other (P<0.01). Four loci deviate from HWE (P<0.01) and the number of heterozygous roughly the same as that of homozygotes (observed heterozygosity mean of 0.460), inbreeding coefficient is high (mean of 0.880). Which could be caused by take sample too closely in the same sampling, and Vallisneria have a combination of generative propagation and clone.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,005 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».