Delta-1 variant of SARS-COV-2 acquires spike V1264L and drives the pandemic in Indonesia, Singapore and Malaysia
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Since April 2021, delta variant of SARS-COV-2 has gradually overtaken all other variants and become a dominant pandemic driver around the world. It has evolved and yielded four subvariants: delta1, delta2, delta3 and delta4. While trying to understand how these subvariants drive the pandemic in Southeast Asia, I noticed that many d1 genomes from Indonesia encode an extra spike substitution, V1264L. Coincidentally, this confers an acidic dileucine motif because residues 1157-1262 are acidic and residue 1265 is leucine. Such a motif may affect subcellular trafficking of the resulting spike protein. Alarmingly, this V1264L-encoding delta1 subvariant (referred to as delta1L) has become the dominant pandemic driver in Indonesia, Singapore, Malaysia and East Timor. Moreover, it has acquired additional spike substitutions: L1234L in Singapore and D215Y/N in Malaysia. On the average, the resulting sublineages carry 46-48 mutations per genome, making them some of the most mutated variants identified so far. Moreover, a d1 sublineage from the United Kingdom has acquired V1264L along with spike Y145H and A222V, a signature substitution of a SARS-COV-2 clade that was a major pandemic driver in Europe during the summer of 2020. A222V improves an extensive hydrophobic interaction network at the N-terminal domain of spike protein and may make this sublineage more virulent than delta1 and delta1L. Some delta2 subvariant genomes identified in the United States of America and other countries also encode V1264L. Thus, V1264L is a recurrent spike substitution frequently acquired by d subvariants during convergent evolution. This recurrence also suggests that V1264L is one key mechanism by which d variant adopts to expand its ‘evolutionary cage.’
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,004 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,003 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,003 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle