δ1 variant of SARS-COV-2 acquires spike V1176F and yields a highly mutated subvariant in Europe
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT Genomic surveillance of SARS-COV-2 has revealed that in addition to many variants of interests, this virus has yielded four variants of concern, α, β, γ and δ, as designated by the World Health Organization. δ variant has recently become the predominant pandemic driver around the world and yielded four different subvariants (δ1, δ2, δ3 and δ4). Among them, δ1 has emerged as the key subvariant that drives the pandemic in India, Europe and the USA. A relevant question is whether δ1 subvariant continues to evolve and acquires additional mutations. Related to this, this subvariant has acquired spike V1176F, a signature substitution of γ variant, and yielded a new sublineage, δ1F. The substitution alters heptad repeat 2 of spike protein and is expected to improve interaction with heptad repeat 1 and enhance virus entry. Moreover, there are δ1F sublineages encoding spike N501Y, A783S, Q836E and V1264L. While N501Y is a signature substitution shared by α, β and γ variants, V1264L is a key substitution in a δ1 sublineage that is a major pandemic driver in Southeast Asia. The Q836E-encoding lineage carries an average of 50 mutations per genome, making it the most mutated variant identified so far. Similar to δ1 subvariant, δ2 subvariant has also acquired spike V1176F and yielded new sublineages. Together, these results suggest that V1176F is a recurrent spike substitution that is frequently acquired by SARS-COV-2 variants to improve viral fitness. It is thus important to track the evolutionary trajectory of related variants for considering and instituting the most effective public health measures.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».