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Enregistrement W3206996158 · doi:10.1016/j.cell.2021.09.022

Spatially confined sub-tumor microenvironments in pancreatic cancer

2021· article· en· W3206996158 sur OpenAlexaff
Barbara T. Grünwald, Antoine Devisme, Geoffroy Andrieux, Foram Vyas, Kazeera Aliar, Curtis W. McCloskey, Andrew Macklin, Gun Ho Jang, Robert E. Denroche, Joan Miguel Romero, Prashant Bavi, Peter Bronsert, Faiyaz Notta, Grainne M. O’Kane, Julie M. Wilson, Jennifer J. Knox, Laura Tamblyn, Molly L. Udaskin, Nikolina Radulovich, Sandra E. Fischer, Melanie Boerries, Steven Gallinger, Thomas Kislinger, Rama Khokha

Notice bibliographique

RevueCell · 2021
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiquePancreatic and Hepatic Oncology Research
Établissements canadiensOntario Institute for Cancer ResearchUniversity Health NetworkUniversity of TorontoLunenfeld-Tanenbaum Research InstituteMount Sinai HospitalOccupational Cancer Research CentrePrincess Margaret Cancer Centre
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésBiologyTumor microenvironmentPancreatic cancerPhenotypeFibroblastCancer researchTumor progressionGenetic heterogeneityImmune systemCancer-Associated FibroblastsPancreatic tumorCancerImmunologyGeneticsCell cultureGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Intratumoral heterogeneity is a critical frontier in understanding how the tumor microenvironment (TME) propels malignant progression. Here, we deconvolute the human pancreatic TME through large-scale integration of histology-guided regional multiOMICs with clinical data and patient-derived preclinical models. We discover "subTMEs," histologically definable tissue states anchored in fibroblast plasticity, with regional relationships to tumor immunity, subtypes, differentiation, and treatment response. "Reactive" subTMEs rich in complex but functionally coordinated fibroblast communities were immune hot and inhabited by aggressive tumor cell phenotypes. The matrix-rich "deserted" subTMEs harbored fewer activated fibroblasts and tumor-suppressive features yet were markedly chemoprotective and enriched upon chemotherapy. SubTMEs originated in fibroblast differentiation trajectories, and transitory states were notable both in single-cell transcriptomics and in situ. The intratumoral co-occurrence of subTMEs produced patient-specific phenotypic and computationally predictable heterogeneity tightly linked to malignant biology. Therefore, heterogeneity within the plentiful, notorious pancreatic TME is not random but marks fundamental tissue organizational units.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,004

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,001
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,022
Tête enseignante GPT0,301
Écart entre enseignants0,280 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations423
Publié2021
Routes d'admission1
Résumé présentnon

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