The impact of the initial public health response to COVID-19 on swine health surveillance in Ontario
Notice bibliographique
Résumé
COVID-19 restrictions and the pandemic have affected animal health and food production through the disease's effects on human activities. COVID-19 impact on swine health surveillance can be assessed by investigating submissions and test positivity for pathogens before and after COVID-19 restrictions. PRRSV, Influenza A virus, Mycoplasma hyopneumoniae and PCV-2 are considered important and economically challenging respiratory diseases for the swine populations. By reviewing test results from swine samples submitted for diagnostic testing to a regional diagnostic laboratory, and by assessing total submissions, total positive tests, and the proportion of positive tests at weekly intervals with time series techniques and generalized linear regression models, we evaluated COVID-19's impact on the monitoring of these respiratory pathogens in Ontario, Canada. We classified weeks that fell from week 12 through week 24 in each year as pandemic equivalent weeks and the non-pandemic weeks included all other weeks. The pandemic period in 2020 resulted in a significantly higher number of submissions (p < 0.05) and PRRSV positive submission counts (p < 0.05) when compared to equivalent time periods in previous years; however, no changes could be detected in the odds of weekly PRRSV submission positivity. Weekly positive proportions of PCV-2 tests were higher during the pandemic period in 2020 compared with the pandemic equivalent period in 2018 and 2017. The counts of submissions that requested tests for PRRSV, Influenza A virus and M. hyopneumonia combined, as well as the number of submissions and the proportions of submissions that tested negative for these multiple respiratory pathogens were not significantly different between the pandemic period in 2020 and other periods examined. Our findings indicate that swine producers, in conjunction with various private and public veterinary support services, continued monitoring and performing diagnostic screening on farms for economically important animal diseases despite complications resulting from COVID-19 public health restrictions. PRRSV continues to have a serious impact on swine health. The absence of an increased proportion of negative tests for individual or groups of pathogens, or an accompanying increase in submissions during the 2020 pandemic period suggests that no new undetected pathogens with an impact on respiratory signs in swine were introduced during this time.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,005 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».