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Enregistrement W3210068951 · doi:10.26434/chemrxiv.13728112.v1

Enzymatic β-Oxidation of the Cholesterol Side Chain in Mycobacterium Tuberculosis Bifurcates Stereospecifically at Hydration of 3-Oxo-Cholest-4,22- Dien-24-Oyl-CoA

2021· preprint· en· W3210068951 sur OpenAlexfundno aff
Tianao Yuan, Joshua M. Werman, Xingyu Yin, Meng Yang, Miguel García–Díaz, Nicole S. Sampson

Notice bibliographique

RevueChemRxiv · 2021
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueSteroid Chemistry and Biochemistry
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesBrookhaven National LaboratoryOffice of ScienceNational Institutes of HealthNational Institute of Advanced Industrial Science and TechnologyUniversity of British ColumbiaMcGill UniversityU.S. Department of Energy
Mots-clésChemistryBiochemistryEnzymeNAD+ kinaseCofactorStereochemistryIsomerase

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The unique ability of Mycobacterium tuberculosis (Mtb) to utilize host lipids such as cholesterol for survival, persistence, and virulence has made the metabolic pathway of cholesterol an area of great interest for therapeutics development, and bioproduction of valuable sterol intermediates. Herein, we identify and characterize two genes from the Cho-region of the Mtb genome, chsH3 (Rv3538) and chsB1 (Rv3502c). Their protein products catalyze two sequential stereospecifichydration and dehydrogenation steps in the b-oxidation of the cholesterol side chain. ChsH3 favors the 22S hydration of 3-oxo-cholest-4,22-dien-24-oyl-CoA in contrast to the previously reported EchA19 (Rv3516) which catalyzes formation of the ( 22R )-hydroxy-3-oxo-cholest-4-en-24-oyl-CoA from the same enoyl-CoA substrate. ChsB1 is stereospecific and catalyzes dehydrogenation of the ChsH3 product, but not the EchA19 product. The X-ray crystallographic structure of the ChsB1 apo-protein was determined at a resolution of 2.03 Å and the holo-enzyme with bound NAD + cofactor at 2.21 Å.The homodimeric structure is representative of a classical NAD + utilizing short-chain type alcohol dehydrogenase/reductase, including a Rossmann-fold motif, but exhibits a unique substrate binding site architecture that is of greater length and width than its homologous counterparts, likely to accommodate the bulky steroid substrate. Intriguingly, Mtb utilizes MaoC-like hydratases in sterol side-chain catabolism in contrast to fatty acid b-oxidation in other species that utilize the evolutionarily distinct crotonase family of hydratases.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,014
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0010,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,011
Tête enseignante GPT0,224
Écart entre enseignants0,213 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations2
Publié2021
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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