Structural basis of the TAM domain of BAZ2A in binding to DNA or RNA independent of methylation status
Notice bibliographique
Résumé
Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2A (BAZ2A) (also called transcription termination factor-1 interacting protein 5), a key component of the nucleolar remodeling complex, recruits the nucleolar remodeling complex to ribosomal RNA genes, leading to their transcriptional repression. In addition to its tandem plant homeodomain-bromodomain that is involved in binding to acetylated histone H4, BAZ2A also contains a methyl-CpG-binding domain (MBD)-like Tip5/ARBP/MBD (TAM) domain that shares sequence homology with the MBD. In contrast with the methyl-CpG-binding ability of the canonical MBD, the BAZ2A TAM domain has been shown to bind to promoter-associated RNAs of ribosomal RNA genes and promoter DNAs of other genes independent of DNA methylation. Nevertheless, how the TAM domain binds to RNA/DNA mechanistically remains elusive. Here, we characterized the DNA-/RNA-binding basis of the BAZ2A TAM domain by EMSAs, isothermal titration calorimetry binding assays, mutagenesis analysis, and X-ray crystallography. Our results showed that the TAM domain of BAZ2A selectively binds to dsDNA and dsRNA and that it binds to the backbone of dsDNA in a sequence nonspecific manner, which is distinct from the base-specific binding of the canonical MBD. Thus, our results explain why the TAM domain of BAZ2A does not specifically bind to mCG or TG dsDNA like the canonical MBD and also provide insights for further biological study of BAZ2A acting as a transcription factor in the future.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».