Comparative phylogeography study reveals introgression and incomplete lineage sorting during rapid diversification of <i>Rhodiola</i>
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND AND AIMS: Many plant taxa in the Qinghai-Tibetan Plateau (QTP) and the Hengduan Mountains (HM) radiated rapidly during the Quaternary but with frequent secondary contact between diverging populations. Incomplete lineage sorting and introgressive hybridization might be involved during the rapid radiation, but their effects on phylogeography have not been fully determined. METHODS: We investigated the chloroplast DNA (cpDNA)/internal transcribed spacer (ITS) sequence variations of 611 samples of Rhodiola bupleuroides, R. discolor, R. fastigiata and R. chrysanthemifolia from the QTP and HM to compare the phylogeographic patterns between the four species with different evolutionary histories, geographic ranges and reproductive modes. KEY RESULTS: The divergence times of these species were consistent with the last peak of in situ speciation in the HM. While closely related species exhibited different phylogeographic patterns, they shared several ribotypes and haplotypes in sympatric populations, suggesting introgressive hybridization. A significant phylogenetic discordance between ribotypes and haplotypes was detected in three species, implying incomplete lineage sorting. Rhodiola discolor houses an extraordinary richness of cpDNA haplotypes, and this finding may be attributed to adaptive radiation. CONCLUSION: In addition to geographic isolation and climate oscillations during the Quaternary, both introgressive hybridization and incomplete lineage sorting play important roles in species that experienced rapid diversification in the QTP and HM.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».